IDENTIFIKASI Mycobacterium bovis DENGAN KONSENTRASI DNA BERTINGKAT MENGGUNAKAN TEKNIK POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR)

DITA DHARMAYANTI, Prof. Dr. drh. Ida Tjahajati, M.P.

2013 | Skripsi | KEDOKTERAN HEWAN

Mycobacterium sp. adalah bakteri yang dapat menyebabkan penyakit tuberkulosis pada hewan domestik. Mycobacterium bovis termasuk dalam kelompok resiko patogen ke-3 dan Indonesia sebagai negara terbesar nomor 4 penyumbang Tuberkulosis di dunia setelah India, Cina dan Afrika Selatan. Berdasarkan berbagai fakta tersebut, maka penelitian ini dilakukan untuk mengidentifikasi M. bovis dengan konsentrasi DNA bertingkat, dengan harapan konsentrasi terendah dapat digunakan sebagai referensi untuk deteksi penyakit tuberkulosis. Sampel isolat DNA didapatkan dari Balai Besar Penelitian Veteriner (BBalitvet) di Bogor, Jawa Barat. Pengenceran DNA dimulai dari konsentrasi 5000 pg/μL ; 2500 pg/μL; 1250 pg/μL ; 625 pg/L; 312,5 pg/L 156,25 pg/μL ; 78,125 pg/μL dan 39,0625 pg/μL. Amplifikasi DNA dengan metode PCR menggunakan dua pasang primer JB21 Forward dan JB22 Reverse dan INS1 Forward dan INS2 Reverse dengan kondisi predenaturasi 94° C selama 5 menit, denaturasi 94° C selama 1 menit, annealing 60° C selama 1 menit, elongasi 72°C selama 1 menit dan post-elongasi 72° C selama 7 menit sebanyak 35 siklus. Reaksi PCR menghasilkan produk sepanjang 500 bp dan 245bp. Hasil analisis dapat dilihat pada konsentrasi 78,125 pg/μl dan 39, 0625 pg/μl dengan primer INS1/INS2, bands (pita) mulai terlihat memudar dan hilang. PCR dengan menggunakan primer JB21/JB22 menunjukkan bahwa pada kosentrasi 39,0625 pg/μl bands sudah menghilang. Hal ini dapat dilakukan sebagai sumber referensi untuk deteksi terhadap infeksi Mycobacterium bovis.

Mycobacterium sp. is a bacteria that can cause tuberculosis disease in domestic animals. Mycobacterium bovis pathogens in 3rd risk groups and Indonesia as the country's fourth-largest contributor of Tuberculosis in the world after India, China and South Africa. Based on these facts, the research was conducted to identify M. bovis with DNA stage concentrations, hope of the lowest concentration can be used as a reference for the detection of tuberculosis. Isolate DNA samples obtained from the Center for Veterinary Research (BBalitvet) in Bogor, West Java. Dilution of the DNA was started from concentration 5000 pg / mL; 2500 pg / mL; 1250 pg / mL; 625 pg / mL; 312.5 pg / mL; 156.25 pg / mL; 78.125 pg / mL and 39.0625 pg / mL . DNA amplification by PCR using two pairs of primers JB21 and JB22 Forward INS1 Reverse and Forward and Reverse INS2 with predenaturasi conditions 94 ° C for 5 min, denaturation 94 ° C for 1 min, annealing 60 ° C for 1 min, 72 ° C elongation for 1 min and post-elongation 72 ° C for 7 min at 35 cycles. PCR reaction products of 500 bp and 245bp. Analysis results can be seen in the concentration of 78.125 pg / mL and 39, 0625 pg / mL with primary INS1/INS2, bands (bands) starts to look faded and disappeared. PCR using primers JB21/JB22 showed that the concentration 39.0625 pg / mL bands had disappeared. This can be done as a source of reference for the detection of Mycobacterium bovis infection.

Kata Kunci : Mycobacterium bovis, PCR, JB21/JB22, INS1/INS2