ANALISIS GENETIK MOLEKULER CACING Ascaridia galli DI YOGYAKARTA BERDASARKAN SEKUEN RIBOSOMAL DNA (rDNA) REGIO ITS1

DYAH UTAMI, drh. Ana Sahara, M.Si.

2013 | Skripsi | KEDOKTERAN HEWAN

Cacing Ascaridia galli merupakan endoparasit saluran pencernaan yang cukup penting dalam dunia perunggasan. Analisis genetik diperlukan untuk melihat ada atau tidaknya keragaman. Internal transcribed spacer 1 (ITS1) merupakan regio di dalam rDNA yang sangat bervariasi komposisi dan panjangnya sehingga cocok digunakan untuk melihat tingkat keragaman. Tujuan utama penelitian ini adalah untuk mengetahui urutan nukleotida DNA ribosomal daerah ITS1 sehingga dapat menganalisa hubungan kekerabatan genetik di dalam spesies Ascaridia galli. DNA didapatkan dari satu ekor cacing Ascaridia galli jantan yang sebelumnya telah diidentifikasi terlebih dahulu kemudian dilakukan ekstraksi DNA dengan menggunakan kit Geneaid®. DNA yang sudah didapatkan kemudian dilakukan amplifikasi dengan metode PCR menggunakan primer AG_1F dan AG_1R dengan kondisi predenaturasi pada suhu 94oC selama 5 menit, denaturasi pada suhu 94oC selama 30 detik, annealing pada suhu 55oC selama 45 detik, elongasi 72oC selama 45 detik, dan post elongasi pada suhu 72oC selama 5 menit sebanyak 30 siklus. Reaksi PCR menghasilkan produk sepanjang 655 bp, kemudian dilakukan sekuensing dengan dikirim ke Macrogen, Korea Selatan. Hasil sekuensing kemudian dilakukan analisis dengan menggunakan program MEGA versi 5.1 dan dibandingkan dengan beberapa spesies dari Ordo Ascaridida yang didapatkan dari Genbank. Hasil analisis menunjukkan bahwa sampel Ascaridia galli dan Ascaridia galli isolat China memiliki perbedaan sejumlah 6 nukleotida dengan jarak genetik 0,018 (1,8%) menunjukkan bahwa sampel Ascaridia galli yang diperoleh masih memiliki kekerabatan yang cukup dekat dengan Ascaridia galli isolat China (AM408550.1). Pohon filogenetik dibentuk dengan menggunakan metode Neighbor Joining dengan bootstrap 1000 kali menunjukkan bahwa klasifikasi yang telah dibentuk berdasarkan morfologi tidak memiliki perbedaan dengan klasifikasi berdasarkan sekuens DNA ribosomal daerah ITS1.

Ascaridia galli is an endoparasite of intestinal that important enough to poultry. Genetic analysis in needed to know the diversity. Composition and length of ITS1 is vary so it can be used for study about diversity. The main purpose of this research is to know the sequen of ribosomal DNA regio ITS1 so that and the genetic relationship between some species of Ascaridia galli can be analyzed. The DNA sample was isolated from male Ascaridia galli that has identificated. The extraction of DNA was done with a kit Geneaid®. Amplification of ITS1 gene by PCR technique used primer AG_1F and AG_1R under condition of predenaturation 94oC for 5 minutes, denaturation 94oC for 30 seconds, annealing 55oC for 45 seconds, elongation 72oC for 45 seconds, dan post-elongation 72oC for 5 minutes at 30 cycles. The PCR reaction produced 655 bp DNA segment which has followed by sequencing. Then result of ITS1 segment sequences would be treated in multiple allignment with other worms from Ordo Ascaridida that were taken from the Genbank and then analyzed using MEGA version 5.01. Result of this research showed that there were 6 nt different beetwen sample of Ascaridia galli and Ascaridia galli isolate China (AM408550.1) with the genetic distance is 0,018 (1,8%). It showed that the sample of Ascaridia galli has a close genetic relationship with Ascaridia galli isolate China. Construction of phylogenetic trees used Neighbor-Joining method with bootstrap values 1000 times showed that the classification made by the morfological sign was the same with the classification made by ribosomal DNA regio ITS1 sequence.

Kata Kunci : Ascaridia galli, DNA ribosomal, ITS1