IDENTIFIKASI SPESIES CANDIDA PENTING MENGGUNAKAN METODE PCR DAN CHROMagar

Suyana, dr. Tri Wibawa, Ph.D.

2013 | Tesis | S2 Bioteknologi

Kandidiasis adalah suatu infeksi akut atau subakut yang disebabkan oleh Candida albicans atau oleh spesies Candida lain, yang dapat menyerang berbagai jaringan tubuh. Spesies Candida dianggap menjadi penyebab terbesar penyakit infeksi pada manusia. Berdasarkan tempat infeksinya, jenis kandidiasis dibagi tiga yaitu: kandidiasis selaput lendir, kandidiasis kutis, dan kandidiasis sistemik. Ada sekitar 154 spesies jamur Candida menunjukkan tingkat resistensi terhadap antijamur yang berbeda-beda. Penentuan tingkat spesies secara benar penting dilakukan, karena kesamaan fenotip antar spesies Candida sangat tinggi. Diagnosis awal infeksi oleh jamur penting dilakukan untuk mengurangi besarnya tingkat kematian pasien akibat resistensi obat antijamur. Pemeriksaan kandidiasis secara laboratoris umumnya hanya sampai pada genus jamur yang menginfeksi, sedangkan pemeriksaan hingga tingkat spesies belum banyak dilakukan. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi jamur Candida Sp menggunakan perbandingan dua metode yaitu Polymerase Chain Reaction (PCR) dan kultur CHROMagar dengan sepasang primer. Sampel penelitian adalah 78 isolat Candida hasil koleksi di Bagian Mikrobiologi Fakultas Kedokteran UGM Yogyakarta. Mula-mula isolat Candida simpanan dilakukan ekstraksi DNA, diamplifikasi PCR, dielektroforesis dan spesies Candida diidentifikasi berdasarkan perbedaan besar fragmen DNA melalui pengamatan pada UV transilluminator. Kemudian isolat Candida yang sama dikultur pada medium CHROMagar miring di tabung, dan spesies Candida diidentifikasi berdasarkan perbedaan warna koloni yang terbentuk. Hasil identifikasi dengan metoda PCR diperoleh frekuensi spesies Candida albicans 75,64%; C. glabrata 7,69%; C. tropicalis 1,28%; Candida parapsilosis 5,13%; Candida lain 10,26%; dengan metode CHROMagar C. albicans 61,54%; C. glabrata 26,92%, C. tropicalis 3,85%; Candida parapsilosis 2,56%; Candida lain 5,13%. Nilai sensitivitas dan spesifisitas terhadap spesies C. albicans 97,9% dan 60,0%; terhadap C. glabrata 40% dan 100%; terhadap C. tropicalis 0% dan 98,7%; terhadap Candida parapsilosis 50,0% dan 96,05%; terhadap Candida lain 50% dan 91,9%. Nilai akurasi untuk C.albicans 60,3%; C.glabrata 7,7%; C.tropicalis 0%; Candida parapsilosis 1,3% dan Candida lain 2,6%. Nilai prediksi positif dan negatif untuk C.albicans 79,7% dan 94,7%; C.glabrata 100% dan 79,2%; C.tropicalis 0% dan 96,1%; Candida parapsilosis 25% dan 98,7%; Candida lain 25% dan 97,1%.

Candidiasis is an infection of acute or subacute caused by Candida albicans Candida species or the other, which can attack various body tissues. Candida species are considered to be the biggest cause of infectious disease in humans. Based on where the infection, candidiasis divided into three types, namely: mucous membrane candidiasis, kutis candidiasis and systemic candidiasis. There are about 154 species of fungus Candida shows the level of resistance to antifungal different. Determining the species level is really important to do, because of the similarity between the phenotypes of Candida species is very high. Early diagnosis of fungal infection is important to reduce the level of patient deaths due to antifungal drug resistance. Candidiasis in laboratory examination is generally limited to the genus of fungi that infect, while the examination to the species level has not been much done. This study aimed to identify the fungus Candida sp using comparison of two methods: Polymerase Chain Reaction (PCR) and culture CHROMagar with primer pair. The research sample is a collection of 78 isolates of Candida results in Section of Microbiology, Faculty of Medicine UGM. First isolates of Candida savings DNA extraction, PCR amplified and electrophoresed Candida species were identified based on differences in the DNA fragments through the observation of the UV transilluminator. Later the same Candida isolates were cultured on CHROMagar medium angled tube, and Candida species were identified based on colony color differences are formed. The identification results obtained with the PCR method, species frequency Candida albicans 75.64%; C. glabrata 7.69%; C. tropicalis 1.28%; Candida parapsilosis 5.13%, 10.26% other Candida; CHROMagar method C. albicans 61.54%; C. glabrata 26.92%, C. tropicalis 3.85%; Candida parapsilosis 2.56%, other Candida 5.13%. Sensitivity and specificity values of the species C.albicans 97.9% and 60.0%; against C. glabrata 40% and 100.0%, to C. tropicalis 0% and 98.7%; against Candida parapsilosis 50.0% and 96.05%, against Candida another 50% and 91.9%. Accuracy value for C.albicans 60.3%; C.glabrata 7.7%; C.tropicalis 0%; C. parapsilosis 1.3% and other Candida 2.6%. Positive and negative predictive values for C.albicans 79.7% and 94.7%; C.glabrata 100% and 79.2%; C.tropicalis 0% and 96.1%, C. parapsilosis 25% and 98.7%; another Candida 25% and 97.1%.

Kata Kunci : identifikasi, spesies Candida, metode, PCR, CHROMagar.