OPTIMASI ISOLASI DNA PADA DAGING OLAHAN SEBAGAI DASAR UNTUK DETEKSI KONTAMINASI DAGING BABI

FITRIANINGSIH, Ir. Edi Suryanto, M.Sc.,Ph.D.

2013 | Tesis | S2 Ilmu Peternakan

Kontaminasi daging babi seringkali ditemukan pada berbagai daging olahan. Deteksi berbasis DNA merupakan salah satu cara identifikasi kontaminasi daging babi yang cepat dan akurat. Keberhasilan teknik ini ditentukan oleh tertangkapnya DNA genom dari sampel. Daging olahan terdiri dari berbagai bahan pangan yang kompleks, sehingga diperlukan metode khusus untuk isolasi DNA nya. Tujuan penelitian ini adalah menentukan metode isolasi DNA yang tepat untuk diaplikasikan pada daging olahan berupa bakso, sosis, dan abon, serta sebagai dasar untuk deteksi kontaminasi daging babi. Metode TNES, Sambrook yang dimodifikasi, dan CTAB digunakan dalam penelitian ini. Sampel yang digunakan berupa bakso, sosis dan abon dengan penambahan daging babi. Konsentrasi dan kemurnian DNA diukur dengan spektrofotometer pada λ 260 dan λ280 nm. Data konsentrasi dan kemurnian DNA yang diperoleh dianalisis dengan analisis varians berdasarkan Rancangan Acak Lengkap (RAL) pola searah, dilanjutkan dengan Uji Jarak Berganda Duncan menggunakan program SPSS versi 16. Konfirmasi kontaminasi daging babi dilakukan dengan analisis PCR-RFLP, amplifikasi gen cytochrome b menggunakan primer L14841 dan H15149. Hasil amplikon didigesti dengan enzim restriksi BseDI. Hasil penelitian menunjukkan metode Sambrook yang dimodifikasi memberikan hasil yang paling baik, pita DNA yang dihasilkan terlihat jelas. Konsentrasi dan kemurnian DNA dari tiga metode yang digunakan memperlihatkan perbedaan nyata (P<0,05). Amplifikasi PCR gen cytochrome b menghasilkan produk PCR sebesar 359 bp. Hasil digesti menghasilkan ukuran fragmen 131, 228 dan 359 bp untuk sampel yang mengandung daging babi, sedangkan yang tidak mengandung daging babi 359 bp .

Pork contamination often found in various processed meat. DNA-based technique detection is one of the quick and accurate method for identifying porcine contamination. The success of this technique is determined by the capture of genomic DNA from the sample. Processed meat consist of a variety of complex foodstuffs, so requiring specific methods for the DNA isolation. The aims of this study was to determine the appropriate isolation DNA method for applied to the meatballs, sausage, and shredded meat, and can be used as bases for detection of porcine adulteration in processed meat. TNES, Sambrook with modified and CTAB method were used in this study. Samples uses for the experiment were meatballs, sausage and shredded meat with the addition of pork. DNA concentration and purity was measured by spectrophotometer at λ 260 and λ280 nm. DNA concentration and purity data were analyzed by analysis of variance based on one way completely randomized design (CRD), followed by Duncan's New Multiple Range Test using SPSS version 16. Confirmation of pork contamination was done by PCR-RFLP analysis, amplification of cytochrome b gene using the primers L14841 and H15149. The results showed that Sambrook with modified method gave the best results, the DNA bands generated band. DNA concentrations and purity were obtained from three methods shown significantly different (P<0.05). PCR amplification of the cytochrome b gene produced 359 bp. The results of digestion produced fragments of size 131, 228 and 359 bp for samples containing pork, while containing no pork 359 bp.

Kata Kunci : Isolasi DNA, Daging olahan, Deteksi babi.