VARIASI DELESI 30 bp GEN LMP1 C-TERMINUS EBV PADA PENDERITA KARSINOMA NASOFARING

dr. Nur Signa Aini Gumilas, Prof. dr. Sofia Mubarika Haryana, M.Med.Sc., Ph.D

2013 | Tesis | S2 Bioteknologi

Epstein-Barr Virus (EBV) merupakan salah satu penyebab kanker nasofaring (KNF), dan lebih dari 90% populasi di dunia terinfeksi EBV. Infeksi EBV menyebabkan terekspresinya latent membrane protein-1 (LMP1) yang bersifat onkogenik karena dapat menyebabkan transformasi sel normal menjadi kanker. Gen LMP1 memiliki kemampuan memediasi transkripsi NFκβ. Variasi delesi 30 bp LMP1 C-terminus EBV mampu mengubah fungsi signaling dan meningkatkan potensial onkogeniknya. Di Indonesia, data mengenai variasi genetik terutama variasi delesi 30 bp LMP1 C-terminus EBV masih sangat terbatas jumlahnya, sehingga diperlukan data dari berbagai daerah lain untuk bisa memahami patogenesis klinis infeksi EBV. Penelitian ini bertujuan untuk mencari variasi delesi 30 bp gen LMP1 C-terminus EBV (nukleotida 168.287-168.256) dari penderita KNF di Purwokerto serta mempelajari hubungannya dengan stadium klinis dan gambaran histopatologik. Sampel yang berasal dari 36 darah dan 30 jaringan dalam blok parafin diperiksa DNA-nya menggunakan Polymerase Chain Reaction (PCR). Sebanyak 6 sampel dilanjutkan dengan pemeriksaan sekuensing untuk memastikan variasi delesi 30 bp LMP1 C-terminus EBV (nukleotida 168.287-168.256). Hasil penelitian menemukan tidak ada variasi delesi 30 bp gen LMP1 C-terminus EBV (nukleotida 168.287- 168.256) baik pada 36 sampel darah maupun pada 30 sampel jaringan. Hasil sekuensing dari 6 sampel yang dicurigai berbeda pada sampel darah dan jaringan, ternyata juga tidak ditemukan delesi 30 bp.

Epstein-Barr Virus (EBV) is one of the causes of nasopharyngeal carcinoma (NPC), which more than 90% the world populations are infected with EBV. LMP1 expression caused by EBV infection, in which LMP1 is oncogenic, because it can cause the transformation of normal cells to become cancerous. LMP1 gene has the ability to mediate transcription of NFκβ . Variation 30 bp deletion LMP1 C-terminus of EBV may alter the function of oncogenic signaling and increase potential. In Indonesia, information of genetic variation, especially variation of 30 bp deletion of the C-terminus of EBV LMP1 is still very limited, so it’s necessary to get data from other areas in order to understand the clinical pathogenesis of EBV infection. This study aimed to explore variations in the gene deletion of 30 bp EBV LMP1 C-terminus (nucleotides 168287-168256) of patients with NPC in Purwokerto and study the relationship with clinical stage and histopathological type. Samples were derived from 36 blood and 30 tissues in paraffin blocks examined DNA using Polymerase Chain Reaction (PCR). A total of 6 samples checked by sequencing to ensure the 30 bp deletion variant LMP1 C-terminus of EBV (nucleotides 168287- 168256). The results found no variation in the gene deletion of 30 bp EBV LMP1 C-terminus (nucleotides 168287-168256) either in 36 blood samples and 30 samples of tissue. Examination sequencing of 6 samples of blood and tissue suspected of having deletions, gave negative results. 30 bp deletion was not found.

Kata Kunci : Kanker nasofaring (KNF), Epstein-Barr Virus (EBV), delesi 30 bp LMP1 C- terminus EBV (nukleotida 168.287-168.256).