VARIASI GENETIK DAN HUBUNGAN KEKERABATAN TEMBAKAU LOKAL MADURA (Nicotiana tabacum L.) BERDASARKAN KARAKTER MOLEKULAR

FITRI NADIFAH, Dr. Budi Setiadi Daryono, M.Agr.Sc.

2012 | Tesis | S2 Biologi

Indonesia adalah salah satu negara dengan keanekaragaman hayati tertinggi di dunia. Salah satu penyusun keanekaragaman hayati tersebut adalah tembakau. Tembakau (Nicotiana tabacum L.) merupakan tanaman non-pangan yang paling banyak dibudidayakan di Indonesia. Pulau Madura adalah salah satu daerah penghasil tembakau dengan luas areal 70.000 ha lebih pada tahun 2006-2010 atau 30-33% dari total areal tembakau di Indonesia. Tembakau menyimpan berbagai gen dan fitokimia yang berpotensi untuk dikembangkan secara komersial. Namun informasi mengenai keanekaragaman genetik tembakau lokal Madura masih terbatas. Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui variasi genetik dan hubungan kekerabatan 24 varietas tembakau lokal Madura dengan teknik Random AmplifiedPolymorphic DNA (RAPD) dan mengetahui marka spesifik yang menentukan karakter tembakau rendah nikotin. Amplifikasi DNA dengan teknik RAPD dilakukan menggunakan 6 primer tunggal (OPA-18, OPB-12, OPB-14, OPC-1, OPC-8 dan OPC-19) dan 2 pasang primer ganda ((OPB-12+OPC-8) dan (OPC-1+OPC-19)). Nilai kesamaan genetik dan analisis pengelompokan dilakukan dengan metode Unweighted Pair Group Method Arithmatic (UPGMA) menggunakan program komputer Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System (NTSYS) versi 2.10. Penggunaan primer ganda menghasilkan persentase lokus polimorfik yang relatif sama dengan primer tunggal (<60%), namun dengan rata-rata panjang lokus yang lebih pendek. Hasil RAPD menunjukkan adanya beberapa marka spesifik pada varietas tembakau dengan kadar nikotin rendah. Nilai variasi genetik tembakau lokal Madura adalah 0,2003 ± 0,1886. Nilai similaritas antar varietas tembakau berkisar antara 77% – 100%. Nilai similaritas yang tinggi menunjukkan bahwa varietas tembakau Madura memiliki hubungan kekerabatan yang dekat. Berdasarkan dendogram yang dihasilkan, 24 varietas tembakau Madura terbagi menjadi dua klaster, yaitu klaster A (22 varietas) dan klaster B (2 varietas: Bukabu Sa’ang dan Prancak-95).

As one of the richest country in biodiversity, Indonesia has a lot of animal and plant species. Tobacco (Nicotiana tabacum L.) is one of non-crop plants that drew up the diversity and were cultivated in almost all of areas in Indonesia. Madura Island, one of the centers for tobacco cultivation, has more than 70.000 ha or as much as 30- 33% of all tobacco cultivated area in Indonesia in 2006-2010. Wild species of tobacco have genes and phytochemistry that potential to be developed. However, information on the genetic diversity of Madura tobacco is still limited. This study was conducted to determine the genetic variation and relationship of 24 varieties of Madura tobacco with Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) and determine specific markers that define the characters of low-nicotine tobacco. Amplification of DNA with RAPD was started using 6 single primers (OPA- 18, OPB-12, OPB-14, OPC-1, OPC-8 and OPC-19) and 2 mixture primers ((OPB- 12+OPC-8) and (OPC-1+OPC-19)). Genetic similarity and clustering were analyzed by Unweighted Pair Group Method Arithmatic (UPGMA) method with Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System (NTSYS) version 2.10 software. Polymorphic loci resulting from amplification with double primers was relatively same with single primer (<60%) but with lower average of loci. RAPD generated specific markers of low-nicotine tobacco. Genetic variation of Madura tobacco was 0,2003 ± 0,1886 and the genetic similarity ranges from 77% – 100%. High similarity indicated close relationship among varieties of Madura tobacco. The dendogram showed that Madura tobacco varieties consist of 2 main clusters: cluster A (22 varieties) and cluster B (2 varieties: Bukabu Sa’ang dan Prancak-95).

Kata Kunci : Nicotiana tabacum, RAPD, variasi genetik