HUBUNGAN POLIMORFISME GENA PENYANDI SITOKIN DAN METILASI PROMOTOR GENA P16INK4a DENGAN PSORIASIS Studi kasus di Yogyakarta

Sunardi Radiono, dr.,SpKK., Prof. Dr. dr. Hardyanto Soebono Sp.KK(K),

2012 | Disertasi | S3 Kedokteran Umum

Tujuan penelitian. Penelitian ini bertujuan untuk melihat hubungan antara polimorfisme pada promotor gena: IL-10 -1082, IL-1ra VNTR, IL-6 -174 dan TNF-α -308 serta metilasi pada regio promoter gena P16 INK4a dengan psoriasis di Indonesia, serta perbedaan frekuensi alel minor pada promotor gena yang diteliti antara populasi Asia Timur dengan populasi kaukasoid. Metode. Studi kasus kontrol dan asosiasi, telah dilakukan dengan melibatkan 55 kasus psoriasis dan 55 kontrol sehat yang seusia dan tidak ada hubungan keluarga dengan penderita psoriasis. Sampel DNA diekstraksi dari sel mononuklear tepi (PBMC) penderita dan kontrol sehat yang tidak ada hubungan keluarga dengan penderita psoriasis. Penetapan genotipe gena: IL-10 -1082, IL-1ra VNTR, IL-6 - 174 and TNF-α -308 dilakukan dengan Fragment Length Restriction PCR (FLRP), sedangkan PCR spesifik metilasi dipergunakan untuk menetapkan status metilasi pada promotor gena P16 INK4a. selanjutnya dilakukan studi meta analitik untuk membnadingkan berbagai hasil studi tentang frekuensi alel minor pada promotor gena IL-10 -1082, IL-1ra VNTR, IL-6 -174 and TNF-α -308 pada populasi Asia Timur lain termasuk studi ini dengan berbagai hasil studi dari Eropa atau ras kaukasoid lain. Hasil. Frekuensi alel pada kasus dan kontrol pada gena IL-10 -1082, IL-1ra VNTR, IL-6 -174 and TNF-α -308 tidak berbeda secara bermakna, tetapi metilasi promoto r gena P16 INK4a lebih tinggi secara bermakna pada penderita psoriasis dibanding kontrol (p = 0,005). Tidak terdapat hubungan antara polimorfisme pada gena IL-10 -1082, IL-1ra VNTR, IL-6 -174 and TNF-α -308 serta kombinasi genotip (haploid) dengan psoriasis ataupun subfenotipnya. Frekuensi alel minor pada gena: IL-10 -1082, IL -1ra VNTR, IL-6 -174 and TNF-α -308 pada populasi Indonesia atau Asia Timur lainnya berbeda secara bermakna dengan pada populasi kaukasoid (p<0,001). Pada populasi Indonesia dan Asia Timur pada umumnya, frekuensi alel A untuk gena IL-10 -1082 pada kelompok psoriasis dan kontrol masing-masing adalah 92,95% dan 93,66 sedangkan alel G sebesar 7,05% dan 6,34%. Sementara pada populasi kaukasoid frekuensi alel A pada kasus dan kontrol adalah 54,7% dan 50,3%, sedangkan alel G 45,3% dan 49,7%. Frekuensi alel A1 pada gena IL-1ra VNTR pada populasi Asia Timur adalah 99,07% dan 98,9% untuk kelompok psoriasis dan kontrol, sedangkan pada populasi kaukasoid adalah 69,4% dan 68,53% sisanya adalah alel A2. Frekuensi alel G pada gena TNF-α -308 dalam populasi Asia Timur sebesar 97,04% pada kelompok psoriasis dan 94,01% pada kontrol, sedangkan pada populasi kaukasoid frekuensinya berturut-turut 74,8% dan 65,2%, sisanya adalah alel A. Frekuensi alel C pada gena IL-6 -174 pada populasi Asia Timur sebesar 0,93% dan 3,88% pada kelompok psoriasis dan kontrol, sedangkan pada populasi kaukasoid sebesar 52,01% dan 47,38%, sisanya adalah alel G. Kesimpulan. Peran polimorfisme pada promoter gena IL-10 -1082, IL-1ra VNTR, IL-6 -174 and TNF-α -308 pada patogenesis psoriasis di Indonesia belum jelas, tetapi mungkin metilasi pada regio promoter gena P16 INK4a sedikit banyak ikut berperan. Perbedaan frekuensi alel minor pada gena IL-10 -1082, IL-1ra VNTR, IL-6 -174 and TNF-α -308 antara populasi Indonesia atau Asia Timur lain perlu penjelasan dengan penelitian lebih lanjut, mengingat pada hasil penelitian ini dapat disimpulkan bahwa populasi Indonesia umumnya merupakan low producer untuk IL-10, IL-1ra dan TNF-α, tetapi merupakan high producer untuk IL-6.

Aims of study. The study was aimed to elucidate the association of polymorphism in the promoter region of IL-10 -1082, IL-1ra VNTR, IL-6 -174, TNF-α -308 genes and methylation of the promoter region of P16 INK4a gene with psoriasis in Indonesia, as well as the minor allele frequency difference of the studied genes among East Asian population as compared to the caucasion populations. Methods. We have conducted a case-control association study in 55 Indonesian patients with psoriasis vulgaris and 55 control subjects of similar ages. DNA sample were extracted from peripheral blood mononuclear cells (PBMC). Genotypes of IL-10, IL1ra VNTR, IL-6 and TNF-α promoter region were determined by Fragment Length Restriction PCR (FLRP). Methylation of the promoter region of P16 INK4a gene were determined by methylation specific PCR. A meta-analytic study were done to compare the results of studies on the frequencies of minor gene of IL-10 -1082, IL-1ra -VNTR, IL-6 -174 and TNF-α -308 in several East Asian Population including the current study with results of studies from caucasian populations. Result. The frequencies of minor alleles in IL-10 -1082, IL-1ra VNTR, IL-6 -174 and TNF-α-308 genes were statistically equal between the psoriasis and control group, but methylation at promoter region of P16 INK4a gene in PBMC was significantly higher in psoriasis patients as compared to the control group (p=0.005), although not significantly correlate to the psoriasis subtype or disease severity. In general, the frequency of minor allele in Indonesian or East Asian populations were differ significantly as compared to the Caucasian populations (p<0.001). Frequency of allele A in IL-10 -1082 gene cummulatively were 92.95% and 93.66% of East Asian populations psoriasis and control group, while in Caucasian populations it represent to 54.7% and 50.3% as well. Other were consist of G allele. The frequency of allele A1 for IL-1ra VNTR gene in East Asian psoriasis and control group were 99.07% and 98.97%, while in Caucasoid populations were 69.4% and 68.53% respectively. Other were consist of A2 allele. Frequency of allele G in TNF-α -308 gene in East Asian populations were 97.04% and 94.01% in psoriasis and control group, and 74.8% and 65.2% in Caucasian populations as well, other were consist of A allele. Allele C frequency in promoter region of IL-6 -174 gene of East Asian populations were 0.93% and 3.88% for psoriasis and control group, while in Caucasian populations it represent to 52.01% and 47.38% as well, and other were consist of C allele. Conclussion. The role of SNPs on promoter regions of IL-10 -1082, IL-1ra VNTR, IL-6 -174 and TNF-α -308 in Indonesian patient with psoriasis remain unclear, but methylation in the promoter region of P16 INK4a gene in PBMC may in partial play a role in the patogenesis of psoriasis. The difference of minor allele frequencies in the current study as compared to the other East Asian and Caucasian studies need further clarification, since Indonesian and other East Asian population indicate high prevalence of low producers for IL-10, IL-1ra and TNF-α, but high producer for IL-6.

Kata Kunci : psoriasis, SNPs, IL-10 -1082, IL-1ra VNTR, IL-6 -174, TNF-α -308 dan metilasi P16 INK4a