PROFIL MORFOLOGIS DAN FISIOLOGIS, SERTA ANALISIS GENETIK KUDA (Equus caballus) LOKAL INDONESIA BERDASARKAN SEKUEN GEN CYTOCHROME B DAN D-loop MITOKONDRIA

Yuriadi, drh., MP, Prof. drh. Charles Rangga Tabbu, M.Sc., Ph.D.

2013 | Disertasi | S3 Sain Veteriner

Kuda (Equus caballus) lokal Indonesia dikenal dengan nama-nama daerah di Indonesia, yaitu: kuda Makasar, kuda Gorontalo (Minahasa), kuda Sumba, kuda Sumbawa, kuda Bima, kuda Flores, kuda Savoe, kuda Roti, kuda Timor, kuda Sumatra, kuda Jawa, kuda Bali, kuda Lombok, dan kuda Kuningan. Dewasa ini kuda lokal asli Indonesia terancam kepunahan, sehingga perlu upaya konservasi secara in situ dan ex situ dengan melakukan kajian secara morfologis, fisiologis, dan genetik molekuler. Tujuan penelitian ini adalah mengkaji profil morfologis dan fisiologis, serta penanda genetik kuda lokal Indonesia menggunakan gen penyandi cytochrome b dan daerah bukan pengkode protein (D-loop) mitokondria. Sampel kuda dan darah kuda penelitian adalah kuda Batak, Sumatra Barat, Priangan, Kedu, Tengger, Lombok, Bima, Sumba, dan Minahasa. Sebagai pembanding adalah kuda silang dan kuda Thoroughbred di Indonesia. Sampel darah yang diperoleh, diproses untuk isolasi DNA dan analisis genetik. Amplikon atau produk PCR dimurnikan dengan kolom kromatografi, dilanjutkan sekuensing untuk penentuan sekuen DNAnya. Primer untuk cytochrome b adalah CYTBECF (5’CCA GCC-CCC-TCA-ACC-ATT-TCA-TGA-TGA AA’3) dan CYTBECR (S’ACT-GTT-GCT-CCT-CAA-AAG GAT ATT TGG CCT CA’3). Primer untuk daerah bukan pengkode protein (D-loop) ECLOOPF 5’- CGCACATTACCCTGGTCTTG-3’ dan ECLOOPR 5’- GAACCAGATGCCAGGTATG-3’ Potensi sequence DNA cytochrome b dan Dloop mitokondria kuda dibuktikan dengan menganalisis diversitas genetik antar jenis kuda menggunakan program MEGA versi 4.1. Hasil penelitian menunjukkan, bahwa kuda lokal Indonesia terbagi menjadi dua kelompok kekerabatan yang berbeda, dan didukung oleh profil morfologis dan fisiologis, serta analisis genetik molekuler berdasarkan sekuen Dloop mitokondria. Kelompok pertama terdiri dari kuda Kedu, Tengger, Lombok, Priangan, Batak, Bima, dan Sumba yang memiliki hubungan kekerabatan dengan kuda Przewalski. Kelompok kedua terdiri dari kuda Sumbar dan Manado yang memiliki hubungan kekerabatan dengan kuda Thoroughbred Nerco, Princes, Costal, dan Sukur. Keragaman genetik dan filogram hasil sekuensing gen cytochrome b (123 asam amino) 371 bp kurang dapat membedakan kekerabatan antar kuda lokal Indonesia dan kuda Thoroughbred Indonesia. Keragaman genetik melalui sekuen D-loop lebih dapat digunakan untuk membedakan interspesies kuda Lokal dan kuda Thoroughbred di Indonesia.

Indonesia local horse (Equus caballus) known with area names in Indonesia, which are: Makassar horse, Gorontalo (Minahasa) horse, Sumba horse, Sumbawa horse, Bima horse, Flores horse, Savoe horse, Roti horse, Timor horse, Sumatra horse, Java horse, Bali horse, Lombok horse and Kuningan horse. Recently, Indonesia origin local horses threatened with extinction, so it needs insitu and exsitu conservation using morphologic and physiologic of profiles, and molecular genetic study. This research was designed to study the morphological and physiological profiles, and genetic marker of Indonesia local horses using coding gen cytochrome B (cyt b) and non protein coding area (D-loop) mytochondria. Horse and horse's blood research samples were Batak, West Sumatra, Priangan, Kedu, Tengger, Lombok, Bima, Sumba and Minahasa horses. As a comparison are cross-breed and Thoroughbred horses in Indonesia. Blood samples were processed for DNA isolation and genetic analysis. Amplikon or PCR products were purified with chromatography column, continued with sequencing to define its DNA sequence. The primer for cytochrome b is CYTBECF (5'CCA GCC-CCC-TCA-ACC-ATT-TCA-TGA-TGA AA'3) and CYTBECR (S' ACT-GTT-GCT-CCT-CAA-AAG GAT ATT TGG CCT CA'3). The primer for non protein coding area (D-loop) is ECLOOPF 5'- CGCACATTACCCTGGTCTTG-3' and ECLOOPR 5' - GAACCAGATGCCAGGTATG-3'. DNA sequence potention of horses's cyt b and D-loop mytochondria evidenced through genetic diversity analysis between horses species using program MEGA version 4.1. Results of this research indicated that Indonesia local horses were divided into two different kinship relationships group and supported by the same morphological and physiological profiles and molecular genetic analysis based on D-loop mytochondria. The first group consisted of Kedu, Tengger, Lombok, Priangan, Batak, Bima, and Sumba horse which have kinship relationships with Przewalski horse. The second group consisted of Sumbar and Manado horse which have kinship relationships with Nerco, Princes, Costal, and Sukur Thoroughbred horse. Genetic diversity and cytochrome b gen (123 amino acids) 371 bp sequence result phylogram were not really able to differentiate kinship relationships between Indonesia local horses and Indonesia Thoroughbred horses. Genetic diversity using D-loop sequence could differentiate kinship relationships of interspecies local horses and Thoroughbred horses in Indonesia.

Kata Kunci : kuda (Equus caballus), profil morfologis dan fisiologis, analisis genetik, cytochrome B, D-loop