ANALISIS MOLEKULER DOMAIN C TERMINUS GEN NONSTRUKTURAL (NS1 DAN NS2) VIRUS AVIAN INFLUENZA H5N1 ISOLAT UNGGAS DARI BALI DAN JAWA TIMUR

kindi adam, Prof. drh. Widya Asmara, PhD

2012 | Tesis | S2 Bioteknologi

Avian influenza merupakan penyakit infeksi yang disebabkan virus H5N1 pada unggas. Penyebaran infeksi virus avian influenza di antara unggas dan manusia menyebabkkan epidemi di beberapa wilayah, dengan Indonesia sebagai negara dengan jumlah korban pada manusia terbanyak di dunia. Patogenitas virus avian influenza diantaranya diduga berhubungan dengan gen non struktural yang mengkode protein NS1 dan NS2. Penelitian ini bertujuan menganalisis urutan nukleotida dan asam amino dari gen nonstruktural virus avian influenza, mengetahui mutasi yang terjadi pada protein NS1 dan NS2 yang berhubungan dengan patogenitas virus serta melakukan analisis filogenetik dan struktur 3 dimensi protein NS1 dan NS2 dari isolat yang diteliti. Dalam penelitian ini, RNA virus diisolasi dari sampel yang didapat dari unggas Bali dan Jawa Timur lalu diperbanyak secara invivo pada telur ayam. RNA virus diamplifikasi balik dengan menggunakan primer forward 5’ GCT TTC ACA GAA GAA GGA GCA ’3 dan reverse 5’ AAG CTG AAA CGA GAA GGC TCT ’3. Amplikon selanjutnya dielektroforesis dengan gel agarose 2% untuk mengetahui panjang nukleotida yang berhasil diisolasi yaitu sepanjang ± 400 pb. Analisis DNA dilakukan dengan sekuensing menggunakan metode fluorescent-dye terminator cycle sequencing. Analisis dilanjutkan dengan metode deskriptif menggunakan software Bioedit 5.0.6, Mega 4, Clustal X, NJplot dan visualisasi protein dengan AccelrysDS Visualizer 3.1 Client dengan membandingkan isolat sampel dengan isolat virus lain dari Indonesia dan beberapa negara Asia timur baik isolat dari Unggas maupun manusia. Hasil penelitian menunjukan bahwa primer yang didesain berhasil mengamplifikasi nukleotida pada ujung C gen NS pada posisi 430-797 sepanjang 360 pb. Analisis pada posisi penting di ujung C protein NS1 dan NS2 menunjukan bahwa belum terjadi mutasi yang mengarah pada peningkatan patogenitas. Semua isolat menunjukan bahwa sampel masih masuk ke dalam klaster isolatvirus asal Indonesia yang berbeda dengan isolat asal Thailand, Malaysia dan Vietnam namun dekat dengan isolat asal China. Diperlukan penelitian lebih lanjut mengenai pengaruh posisi mutasi pada isolat yang diteliti terhadap patogenitas virus AI H5N1 pada gen NS

-

Kata Kunci : C terminus, Gen NS, Avian Influenza, Patogenitas