APLIKASI MULTIPLEX RT-PCR UNTUK DETEKSI Cymbidium mosaic virus DAN Odontoglossum ringspot virus PADA ANGGREK DI JAWA DAN BALI

ISNA RASDIANAH AZIZ, Dr. Budi Setiadi Daryono, M.Agr.Sc.

2012 | Tesis | S2 Biologi

Cymbidium mosaic virus (CymMV) dan Odontoglossum ringspot virus (ORSV) adalah virus tanaman yang umumnya menginfeksi tanaman anggrek. CymMV menyebabkan kelayuan pada tanaman anggrek, ukuran bunga menjadi lebih kecil, nekrosis dan dapat mengubah fenotip bunga secara drastis. Sedangkan ORSV menyebabkan color breaking dan distorsi pada bunga. Tanaman anggrek yang terinfeksi oleh kedua virus ini akan kehilangan vigor, reduksi kualitas pembungaan dan penurunan nilai komersial. Berbagai metode untuk mendeteksi CymMV dan ORSV telah banyak dilakukan. Meskipun demikian, deteksi kedua virus tersebut dengan Multiplex Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction (Multiplex RT-PCR) masih jarang dilakukan. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui jenis tanaman anggrek yang terinfeksi CymMV dan ORSV serta mendeteksi virus tersebut dengan menggunakan metode multiplex RT-PCR. Pada tahap awal dilakukan isolasi Ribonucleic Acid (RNA) dari jaringan daun yang terinfeksi virus. Hasil sampel yang positif terinfeksi virus kemudian dianalisis dengan Multiplex RT-PCR untuk mendeteksi kedua virus tersebut. Hasil penelitian menunjukkan anggrek Phalaenopsis sp, Cattleya sp, dan Phaius tankertile positif CymMV pada 669 bp dan positif ORSV pada 474 bp menggunakan metode simplex dan multiplex dengan campuran produk RNA kedua virus tersebut. Positif multiplex juga ditunjukkan dengan campuran produk cDNA ORSV dan CymMV.

Cymbidium mosaic virus (CymMV) and Odontoglossum ringspot virus (ORSV) are common viruses infecting orchids. CymMV causes withered orchid, flower size become smaller, necrotic, and change the phenotype of flower. While ORSV causes color breaking and flower distortion. The infected orchid will lose vigor, reduce flowering and decrease quality of commercial value. Various methods to detect CymMV and ORSV have been widely applied. Neverthless, the molecular detection of both viruses is still rare. This study aims to determine orchids infected CymMV and ORSV and also to detect virus using the Multiplex RT-PCR method. In first stage, RNA was isolated from virus-infected leaf tissue. The positive samples then analyzed by Multiplex RT-PCR to detect both of viruses. The result showed positive CymMV at 669 bp and ORSV at 474 bp infected Phalaenopsis sp, Cattleya sp, dan Phaius tankertile using simplex and multiplex method with a mixture of both RNA viruses. Positive multiplex also shown with a mixture of their cDNA product.

Kata Kunci : CymMV, ORSV, Multiplex RT-PCR, anggrek