DETEKSI DAN KARAKTERISASI MOLEKULAR CYMBIDIUM MOSAIC VIRUS PADA ANGGREK DI INDONESIA

Suprapty Abdullah, Dr. Budi Setiadi Daryono, M. Agr. Sc.

2012 | Tesis | S2 Biologi

Anggrek adalah salah satu jenis flora yang banyak dibudidayakan di Indonesia dan memiliki beragam spesies. Penemuan anggrek baru dengan usaha pemuliaan dan penggunaan anggrek di bidang estetika semakin meningkatkan komersialisasi anggrek. Namun hal ini tidak selalu diikuti dengan usaha pencegahan penyebaran penyakit. Di antara spesies anggrek yang dijumpai di pulau Jawa, terdapat sejumlah individu yang terinfeksi virus. Virus utama yang sering dilaporkan adalah Cymbidium mosaic virus (CymMV). Gejala awal yang ditunjukkan tanaman yang terinfeksi adalah timbulnya bercak atau garis klorotik diikuti kematian jaringan. Deteksi virus berdasarkan gejala dapat dilakukan namun diperlukan deteksi molekular karena CymMV dapat menunjukkan gejala yang berbeda pada tiap spesies. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi infeksi virus pada anggrek yang hidup di tempat pembibitan (nursery), kebun raya, taman nasional maupun hutan alami di Indonesia, mempelajari persebaran virus pada anggrek, dan mengetahui hubungan kekerabatan CymMV yang menginfeksi anggrek berdasarkan gen coat protein (CP). Sejumlah 66 sampel dikoleksi dari Sumatra, Jawa, Bali, Kalimantan, dan Sulawesi. Deteksi virus dilakukan secara serologi dengan ImmunoStrip dan secara molekular dengan metode reverse transcription-polymerase chain reaction (RT- PCR). Sejumlah 5 sampel terdeteksi positif dengan ImmunoStrip dan 9 sampel positif dengan metode RT-PCR. Genus anggrek yang ditemukan terinfeksi adalah Phalaenopsis, Calanthe, Phaius, Flickingeria, Arachnis, Dendrobium, dan Cattleya. Sampel dari nursery (CP-1) dan alam (CP-2) yang menunjukkan hasil positif disekuen untuk mengetahui urutan basa nukleotidanya. Nilai similaritas sekuen gen CP kedua isolat dengan 12 isolat pembanding secara berturut-turut adalah 0,959-0,978 dan 0,843-0,868. CP-1 memiliki hubungan kekerabatan yang lebih dekat dengan isolat dari Korea dan India sedangkan CP-2 berkerabat relatif jauh dengan seluruh isolat lain dan membentuk cabang sendiri di luar subgrup CymMV. Uji kisaran inang menunjukkan CymMV dapat menginfeksi tanaman cabe rawit, melon, Dendrobium sp., Phalaenopsis sp., dan Vanda sp., tetapi tidak dapat menginfeksi tanaman tembakau dan tomat.

Orchid is one of most cultivated flora in Indonesia and has high species diversity. Invention of new varieties by plant breeding and orchid usage for aesthetics point increase orchid commercialization. Unfortunately it is not always be followed by prevention of disease transmission. There were reports of virus infected individual among orchid in Java. Cymbidium mosaic virus (CymMV) was one of the most frequently reported orchid infecting virus. Early symptom of infected plant are chlorotic spot or streak followed by necrosis. Virus detection based on symptom might be done but molecular detection is needed due to symptom differences on every species. The purposes of this research were to detect virus infection in orchid which live in nursery, botanical garden, national park, and natural habitat in Indonesia, to identify virus transmission in orchid, and to find out the relationship between CymMV isolates based on coat protein (CP) gene. Total sample was 66 and collected from Sumatra, Java, Bali, Borneo, and Celebes islands. Virus detection was done by serological analysis using ImmunoStrip and molecular using reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) method. Five samples were revealed to be infected by ImmunoStrip and nine samples by RT-PCR method. Infected samples belonged to genus Phalaenopsis, Calanthe, Phaius, Flickingeria, Arachnis, Dendrobium, and Cattleya. Sequencing was done on two positive samples from nursery and nature orchid, CP-1 and CP-2 respectively. Among CymMV isolates, similarity index of CP gene sequence was 0.959-0.978 for CP-1 and 0.843-0.868 for CP-2. Phylogenetic analysis indicated a close relationship between CP-1 isolate with Korean and Indian isolate, while CP-2 isolate shared a distant relationship with other isolates and was located on new branch outside the CymMV subgroup. Host range test showed that CymMV infected chili pepper, melon, Dendrobium sp., Phalaenopsis sp., and Vanda sp., while tobacco and tomato plant were not infected by CymMV.

Kata Kunci : CymMV, gen coat protein, RT-PCR, anggrek