KAJIAN KERAGAMAN GENETIK Tarsius sp. BERDASARKAN SEKUEN GEN NADH DEHYDROGENASE SUBUNIT 4 (ND4)

HERRIALFIAN, DRH, Dr. drh. Rini Widayanti, M.P.,

2012 | Tesis | S2 Sain Veteriner

Tarsius sp. merupakan primata yang bersifat nocturnal faunivores kecil yang terdapat di hutan tropis Asia Tenggara, termasuk Indonesia, yang keberadaannya di alam terancam punah, sehingga pelestariannya memerlukan penanganan khusus. Sulitnya membedakan masing-masing spesies Tarsius secara morfologi, memerlukan kajian molekuler untuk mendapatkan penanda spesifik masing-masing spesies. Analisis keragaman genetik pada gen NADH Dehydrogenase subunit 4 (ND4) mitokondria dengan teknik sekuensing telah digunakan untuk meneliti hubungan filogenetik antar spesies dalam genus atau famili yang sama pada beberapa primata. Penelitian ini bertujuan untuk mengkaji keragaman genetik gen penyandi ND4 pada T. bancanus, T. b. borneanus, T.dianae dan T.spectrum, dan untuk penegakan taksonominya. Deoksiribonukleotida (DNA) diisolasi dari biopsi jaringan masing-masing spesies Tarsius dengan cara diekstraksi untuk digunakan sebagai DNA cetakan dalam proses amplifikasi dengan metode PCR. Primer yang digunakan dalam penelitian ini didesain untuk mengamplifikasi gen ND4. Proses elektroforesis dengan gel agarose dilakukan untuk melihat hasil PCR. Produk PCR hasil amplifikasi yang telah dimurnikan, selanjutnya dipergunakan sebagai DNA cetakan untuk reaksi penentuan runutan nukleotida. Runutan nukleotida gen ND4 hasil sekuensing dilakukan penjajaran berganda dengan primata lain yang diambil dari Genbank menggunakan Clustal W. Selain berdasarkan runutan nukleotida, gen ND4 dianalisis berdasarkan runutan asam amino dari basa-basa yang diterjemahkan mengikuti vertebrate mitochondrial translation code yang ada pada program MEGA versi 4.1. Konstruksi pohon filogenetik menggunakan metode Neighbor Joining. Hasil penelitian menunjukkan dari 1378 nukleotida ditemukan 119 situs yang bersifat beragam, sedangkan pada asam amino, dari 459 asam amino 27 diantaranya bersifat beragam. Jarak genetik berdasarkan nukleotida gen ND4 yang dihitung menggunakan model kimura 2 parameter, terdapat nilai paling kecil 0,6%, nilai terbesar 13%, dan nilai rata-rata sebesar 6,1%. Filogram berdasarkan hasil runutan nukleotida dan asam amino gen ND4 yang menggunakan metode Neighbor Joining, dapat membedakan percabangan antar spesies Tarsius.

Tarsius sp. is a small nocturnal faunivores primate found in the tropical forests of Southeast Asia, include Indonesia and in extremely endangered status. To protect them from extinction, the conservation effort is urgently needed. Morphologically tarsius are similar and very difficult to distinguish and need to identify using other method such as biomolecular technique. One of the succeed identification in primate is by using NADH dehydrogenase subunit 4 (ND4). The aim of the study is to assess the genetic diversity ND4 coding genes in T.bancanus, T.b.borneanus, T. dianae and T. spectrum, and to reconfirm the taxonomy of Tarsius sp. Deoxyribonucleotides (DNA) specimens were isolated from tissue biopsy of each species of Tarsius, and then were extracted for DNA template in the amplification process by PCR. Primers used in this study was designed to amplify ND4 gene and continued with Electrophoresis. PCR amplification results then were purified and used as template DNA for the reaction determination sequences of nucleotide. Sequences of ND4 nucleotide gene were with other primates taken from Genbank using Clustal W. Further more, ND4 gene was analyzed based on amino acids sequence that were translated using Vertebrate mitochondrial translation code MEGA program software version 4.1 and phylogenetic tree were create using Neighbor Joining method. The results show, 119 amino acids sites out of 1378 are diverse, whereas in amino acids level, 27 out of 459 amino acids are diverse. Genetic distance based on ND4 gene nucleotide calculated using Kimura 2 parameter model found that the smallest value is 0.6%, while the largest value is 13%, with average value is 6.1%. Phylogram based on the result of nucleotide sequence and amino acid ND4 genes using the Neighbor Joining method is usefull for Tarsius sp. identification and distinguishing between species of Tarsius branching.

Kata Kunci : Tarsius sp., gen ND4, asam amino, penanda spesifik sekuen DNA