PERANAN GEN GAG-CA SEBAGAI PROBE UNTUK DETEKSI VIRUS PENYAKIT JEMBRANA DENGAN TEKNIK HIBRIDISASI DOT BLOT

Bambang Sutrisno, drh.,MP., Dr. drh. Asmarani Kusumawati

2011 | Disertasi | S3 Sain Veteriner

Penyakit Jembrana merupakan penyakit akut pada sapi Bali (Bos javanicus), yang disebabkan oleh virus penyakit Jembrana [Jembrana disease virus (JDV)]. Tersedianya metode untuk deteksi dini yang sensitif dan mudah dilaksanakan memungkinkan penanggulangan penyebaran penyakit dan kerugian ekonomis serta kontrol status kesehatan hewan. Pada penelitian ini dipelajari kemungkinan penggunaan gen subunit gag-ca sebagai probe hibridisasi. Gen tersebut diklonkan dalam pGEX-CA dan probe JDV disintesis dari fragmen gen gag-ca dengan PCR labelling Dig untuk menghasilkan probe DNA non-radioaktif, JC1 yang memiliki ukuran 208 bp. Berdasarkan analisis BLAST, desain probe JC1 menunjukkan konservasi tinggi diantara isolat-isolat JDV Indonesia. Pada penelitian ini, probe JCI cocok untuk mendeteksi semua isolat JDV. Deteksi JDV dilakukan dengan hibridisasi Dot-Blot menggunakan probe JC1 terhadap RNA total dari empat jaringan limpa sapi Bali yang terdiri dari 3 sapi terinfeksi positif masing-maing isolat Tabanan 1995 dan 2 isolat Tabanan 1987, serta 1 ekor sapi Bali tidak terinfeksi virus penyakit Jembrana. Tiga sampel darah sapi Bali yang dua diataranya terinfeksi isolat Tabanan 1987 dan satu tidak terinfeksi dengan JDV, serta 10 sampel darah sapi Bali dari Kalimantan yang diduga terinfeksi. Hasil menunjukkan bahwa metode hibridisasi Dot-Blot yang digunakan mampu mendeteksi virus pada sapisapi terinfeksi JDV yang berasal dari berbagai daerah. Selain itu, metode hibridisasi Dot-Blot juga mampu mendeteksi virus hingga konsentrasi 10 pg. Berdasarkan hasil tersebut dapat disimpulkan bahwa metode hibridisasi Dot-Blot menggunakan probe JC1 merupakan metode diagnosis yang mudah dikerjakan, efisien dan sensitif untuk diagnosis penyakit Jembrana dan cocok untuk diaplikasikan pada kondisi dimana peralatan yang canggih tidak tersedia.

Jembrana disease is an acute disease of Bali cattle (Bos javanicus) caused by Jembrana disease virus (JDV). The availability of early, sensitive and convenient detection methods will prevent disease outbreaks, economic losses to allowing routine controls of cattle health status. In this study, the possible use of subunit gag-ca gene as hybridization probe was evaluated. The gene was cloned in pGEX-CA and the JDV probe was synthesized from fragmen gag-ca gene using PCR labelled DIG to produce JCI a non-radioactive DNA probe, 208 bp. long. Based on BLAST analysis, the JCI probe has high degree of conservation amongst the Indonesian JDV isolates. In this study, the JCI probe is suitable for the detection of all the isolates. Dot-blot hybridization was carried out to detect the total RNA virus extracted from three cattles samples of spleen and two of blood samples of JDV-infected and one non-infected Bali cattle. The ten blood samples from Kalimantan of Bali cattles were disigned JDV infected. Results showed that the method was able to detect the JDV in infected animals originating from different areas. It was also able to detect the virus concentration as low as 10 pg as well. It can be concluded that gag-ca-based Dot-Blot hybridization technique is an efficient and specific diagnostic tool for Jembrana disease and it is suitable and applicable for conditions in which sophisticated equipments are not available.

Kata Kunci : gen gag-ca, probe, deteksi virus, hibridisasi, Dot-Blot