DIVERSITAS GENETIK DURIAN (Durio zibethinus Murr.) LOKAL KALIMANTAN BERDASARKAN PENANDA MOLEKULAR RAPD (Random Amplified Polimorphic DNA)

DINDIN HIDAYATUL MURSYIDIN, Dr. Budi Setiadi Daryono, M.Agr.Sc.

2011 | Tesis | S2 Biologi

Kalimantan merupakan salah satu pusat persebaran plasma nutfah durian terpenting di dunia. Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari diversitas genetik durian (Durio zibethinus Murr.) lokal Kalimantan berdasarkan penanda molekular RAPD. Sebelas durian lokal Kalimantan varietas D. zibethinus dan tiga jenis durian lain, yaitu D. excelsus, D. kutejensis dan Durio sp. (outgroup) telah digunakan dalam penelitian ini. Enam penanda (primer) molekular RAPD, yaitu OPA-01, OPA-02, OPA-07, OPA-16, OPA-18, dan OPA-19, telah digunakan pula untuk melihat diversitas genetik (polimorfisme) diantara sampel DNA genom tanaman durian yang diteliti. Isolasi DNA dilakukan menggunakan kit nucleon phytopure. Amplifikasi DNA menggunakan metode PCR, dimulai dengan denaturasi awal pada 94°C selama 5 menit, kemudian denaturasi pada 94°C selama 30 detik, annealing pada 37°C selama 30 detik dan ekstensi pada 72°C selama 1,5 menit, yang diulang sebanyak 45 siklus, dilanjutkan dengan ekstensi akhir pada 72°C selama 7 menit. Analisis data didasarkan pada terdapat atau tidaknya fragmen DNA. Profil fragmen DNA diterjemahkan kedalam data biner dengan ketentuan nilai 0 untuk tidak ada fragemen DNA dan 1 untuk adanya fragmen DNA pada satu posisi yang sama dari individu-individu yang dibandingkan. Pengelompokkan data matrik (cluster analysis) dan pembuatan dendogram dilakukan dengan metode Unweighted Pair-Group Method with Arithmetic Average (UPGMA) menggunakan program Numerical Taxonomy and Multivariate System (NTSys) versi 2.1. Hasil penelitian memperlihatkan bahwa durian lokal Kalimantan memiliki diversitas genetik yang relatif tinggi. Hasil analisis kluster memisahkan durian lokal Kalimantan (intra dan inter-spesies) kedalam dua kelompok utama, dengan nilai koefisien similaritas terendah (67%) diperlihatkan oleh durian Enam Hapat dan Siitik dengan durian yang lain, dan similaritas tertinggi (95%) diperlihatkan oleh durian Likol dan Sipisang. Berdasarkan hasil ini, dapat dikatakan bahwa penanda molekular RAPD yang digunakan dalam penelitian, yaitu OPA-01, OPA-07, OPA-16, OPA-18, dan OPA-19, dapat digunakan untuk melihat polimorfisme sebagai representasi diversitas genetik diantara plasma nutfah durian lokal Kalimantan, dengan rerata prosentase sebesar 91,70%.

Kalimantan is one of the centers origin of durian (Durio spp.) in the world. The objective of this study was to investigate the genetic diversity of local durian (Durio zibethinus Murr.) germplasms in Kalimantan by using RAPD markers. Fourteen samples of durian germplasm and six RAPD primer (OPA-01, OPA-02, OPA-07, OPA-16, OPA-18, and OPA-19) were used in this study. DNAs were extracted from leaf tissues according to the protocol of nucleon phytopure (Amersham Bioscience). PCR reactions were performed for genomic DNA in a total volume 25 µl reaction volumes in 600 µl tubes. Amplifications were performed on a PCR Thermal Cycler (Applied Biosystem 9700) with cycling conditions were initial denaturation process at 94°C for 5 minute, denaturation process at 94°C for 30 seconds, annealing process at 37°C for 30 seconds, extension process at 72°C for 90 seconds, and final extension at 72°C for 7 minutes. Variations of the PCR products was scored based on the presence (1) and absence (0) of bands on the images taken from the gels. The NTSys-PC software was used to compute Dice’s coefficients of similarity, and the dendrogram was constructed using Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean (UPGMA). This study showed that the 14 durian germplasm were grouped into two main distinct clusters, and the germplasms generally showed high variations. The higher value of similarity were shown by durian Likol dan Sipisang at 95%, while the lower value of similarity were shown by durian Enam Hapat and Siitik with other durian germplasm at 67%. Based on these study, RAPD primer of OPA-01, OPA-07, OPA-16, OPA-18, and OPA-19 can be used to determine the variation (genetic diversity) of these durian germplasm, at 91,70% polimorphism.

Kata Kunci : Durio zibethinus Murr.; Diversitas Genetik; RAPD; UPGMA.