DETEKSI DAN KARAKTERISASI MOLEKULER ODONTOGLOSSUM RINGSPOT VIRUS (ORSV) ISOLAT JAWA DAN BALI

MAHFUT, S.SI., Dr. Budi Setiadi Daryono, M. Agr.Sc.

2011 | Tesis | S2 Biologi

Anggrek merupakan salah satu tanaman hias yang penting dan banyak dibudidayakan di negara beriklim tropis, termasuk di Indonesia. Infeksi virus menjadi faktor pembatas terpenting dalam usaha pembudidayaan anggrek karena dapat menurunkan kualitas tanaman anggrek. Odontoglossum ringspot virus (ORSV) merupakan salah satu virus yang dilaporkan paling banyak menginfeksi anggrek dengan penyebaran yang luas di dunia. Gejala infeksi berupa mosaik dengan pola garis dan bercak nekrotik berbentuk cincin (ringspot) pada permukaan daun dan pecahnya warna bunga (color breaking). Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keberadaan ORSV yang menginfeksi anggrek alam dan anggrek komersial di Jawa dan Bali, hubungan kekerabatan antar isolat ORSV berdasarkan kesamaan sekuen gen Coat Protein (CP), serta menganalisis uji patogenisitas ORSV isolat Jawa dan Bali. Survei dan koleksi sampel dilakukan di tujuh lokasi hutan dan pertamanan anggrek di Jawa dan Bali selama bulan Mei sampai Agustus 2010. Deteksi dengan Reverse Transcriptase-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) menunjukkan bahwa ORSV menginfeksi tiga sampel dari daun anggrek Phalaenopsis sp. dan selanjutnya disebut isolat ORSV BOC, ORSV KRB, dan ORSV TNBB. Hasil amplifikasi diperoleh fragmen DNA pada kisaran 474 bp yang mengekspresikan gen CP ORSV. Analisis filogenetik berdasarkan kesamaan sekuen gen CP menunjukkan bahwa ORSV BOC memiliki hubungan kekerabatan yang dekat dengan ORSV Jerman, sedangkan ORSV KRB dan ORSV TNBB mengarah pada spesiasi yang dimungkinkan akan menjadi strain tersendiri. Pada uji patogenitas menggunakan beberapa tanaman sehat menunjukkan bahwa ORSV BOC dapat menginfeksi dan menyebabkan gejala sistemik pada Chenopodium amaranticolor, Nicotiana tabacum, Dendrobium sp., Cymbidium sp., Chattleya sp., Phalaenopsis sp., Liparis sp., Spatthoglotis sp., dan Pectelis sussanae (L.) Raf.

Orchids are one of the most important ornamental plants and cultivated in tropical countries, including in Indonesia. Virus infections become important limiting factor in orchids cultivation because it causes significant losses of the plants. Odontoglossum ringspot virus (ORSV) is one of the most reported viruses infecting orchids and spread widely in the world. The common symptoms are mosaic with line pattern and necrotic ringspot on leaf surface, and also color breaking on flower. The purpose of this research was to find out the occurrence of ORSV infecting orchids in Java and Bali, genetic relationship among ORSV isolates based on similarities of coat protein (CP) gene, and analyze the pathogenicity test isolates ORSV Java and Bali. Survey and samples collection were conducted in seven locations cultivating orchids in Java and Bali during May – August 2010. Detection with Reverse Transcription- Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) showed that ORSV was infected three leaf samples of Phalaenopsis sp., called ORSV BOC, ORSV KRB and ORSV TNBB isolates. The results obtained by amplification of DNA band with 474 bp in length as expression of ORSV CP gene. Phylogenetic analysis based on nucleotide sequences of CP gene showed that ORSV BOC have similarity close to ORSV Germany, whereas ORSV KRB and ORSV TNBB leads to speciation that possible to be a new strain. Pathogenicity test using various healthy plants showed that ORSV BOC can infected and cause systemic symptoms on Chenopodium amaranticolor, Nicotiana tabacum, Dendrobium sp., Cymbidium sp., Chattleya sp., Phalaenopsis sp., Liparis sp., Spatthoglotis sp. and Pectelis sussanae (L.) Raf.

Kata Kunci :