KERAGAMAN GENETIK TANAMAN NANGKA (Artocarpus heterophyllus Lamk.) DI INDONESIA BERDASARKAN KARAKTER MORFOLOGIS DAN MOLEKULAR

Dian Palupi, Dr. Budi Setiadi Daryono, M. Agr.Sc.

2011 | Tesis | S2 Biologi

Nangka (Artocarpus heterophyllus Lamk.) merupakan salah satu tanaman buah yang banyak dibudidayakan di Indonesia. Fakultas Kehutanan Universitas Gadjah Mada mengkoleksi 11 provenan nangka di Indonesia yang berbeda secara morfologi antara lain provenan Jawa Timur, Jawa Tengah, Jawa Barat, Bali, Medan, Pekanbaru, Lampung, Kalimantan Timur, Kalimantan Selatan, Kendari, dan Lombok. Karakterisasi morfologis secara lengkap belum dilakukan dan diperlukan bukti molekular untuk melihat keragaman antar 11 provenan tersebut. Penelitian ini bertujuan untuk melihat keragaman 11 provenan nangka di Indonesia berdasarkan karakter morfologis dan penanda molekular RAPD (Random Amplifield Polymorphic DNA). Skoring dan standarisasi dilakukan pada 71 karakter morfologis. Tujuh primer RAPD menghasilkan total 70 fragmen DNA dan 40 fragmen polimorfik. Indeks similaritas dihitung menggunakan rumus koefisien Jaccard. Analisis klaster dan konstuksi dendogram dilakukan dengan menggunakan metode UPGMA (Unweighted Pair Group Method Using Arithmetic Mean). Analisis data dilakukan menggunakan software NTSYS ver. 2.1. Hasil penelitian menunjukkan 11 provenan nangka terbagi menjadi dua kelompok dengan koefisien similaritas antara 49,25 - 76,12,%, provenan Kalimantan Selatan dan Lombok mempunyai kemiripan tertinggi (76,12%) berdasarkan karakter morfologis. Sebelas provenan nangka terbagi menjadi dua kelompok dengan koefisien similaritas antara 63,33 - 85,71%, provenan Jawa Timur dan Jawa Barat mempunyai kemiripan tertinggi (85,71%) berdasarkan karakter molekular. Gabungan karakter morfologi dan molekular menunjukkan pola dendogram yang cenderung menyerupai dendogram berdasarkan karakter morfologis dan membagi 11 provenan nangka menjadi dua kelompok dengan koefisien similaritas antara 46,00 - 74,71%.

Jackfruit (Artocarpus heterophyllus Lamk.) is one of the most widely cultivated fruit in Indonesia. Faculty of Forestry Gadjah Mada Universtity has 11 provenances of jackfruit: provenance of Jawa Timur, Jawa Tengah, Jawa Barat, Bali, Medan, Pekanbaru, Lampung, Kalimantan Timur, Kalimantan Selatan, Kendari, and Lombok. The aim of this study was to assessed variation of jackfruit based on morphological characters and molecular marker RAPD (Random Amplifield Polymorphic DNA). Scoring and standarization were done on 71 morphological characters. Eleven RAPD primers generated 70 total DNA bands, 40 were polymorphic. Similarity matrix was calculated using coefficient of Jaccard. Unweighted Pair Group Method Using Arithmetic Mean (UPGMA) cluster analysis was performed to develop a dendogram. This data analysis was performed by NTSYS software ver. 2.1. This research that 11 provenances of jackfruit divided into two clusters with similarity coefficient ranging from 49,25 - 76,12,%, provenance of Kalimantan Selatan and Lombok were the most closely similar (76,12%) based on morphological characters. Eleven provenances of jackfruit divided into two clusters with similarity coefficient ranging from 63,33 - 85,71%, provenance of Jawa Timur and Jawa Barat were the most closely similar (85,71%) based on molecular characters. Combination of dendogram characters showed similar clustering (dendogram) pattern corresponds to dendogram based on morphological characters and it divided 11 provenances of jackfruit into two clusters with similarity coefficient ranging from 46,00 - 74,71%.

Kata Kunci : Nangka, karakter morfologi, keragaman genetik, RAPD