VARIASI GENETIK DAN HUBUNGAN KEKERABATAN TANAMAN DURIAN (Durio zibethinus Murr.) DI JAWA BERDASARKAN KARAKTER MOLEKULAR

RATNA PILLAR PAMUNGKAS, S.Pd, Dr. Budi Setiadi Daryono, M.Agr.Sc

2012 | Tesis | S2 Biologi

Durian (Durio zibethinus Murr.) merupakan buah asli Indonesia yang memiliki nilai ekonomi tinggi. Variasi genetik dan hubungan kekerabatan antar kultivar durian dapat dianalisis menggunakan teknik Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) secara cepat dan mudah. Tujuan penelitian ini untuk mengidentifikasi dan menganalisis variasi genetik dan hubungan kekerabatan tanaman durian di Jawa berdasarkan penanda RAPD. Sampel adalah daun dari kultivar 20 durian yang terdapat di Jawa Timur, Jawa Tengah, Daerah Istimewa Yogyakarta, dan Jawa Barat. Isolasi DNA dari daun menggunakan kit Nucleon- Phytopure, dan amplifikasi DNA menggunakan 7 primer acak. Elektroforesis hasil amplifikasi DNA menggunakan gel agarose 1,8%, kemudian divisualisasi menggunakan UV iluminator. Pola pita DNA yang terbentuk diskoring menjadi data biner, selanjutnya dibuat dendogram menggunakan metode Unweighted Pair- Group Method Arithmetic (UPGMA) dari program Numerical Taxonomy and Multivariate System (NTSYS) versi 2.1pc. Berdasarkan pola pita DNA yang terbentuk, persentase polimorfisme yang dihasilkan sebesar 83,69%, ini menunjukkan bahwa tingkat variasi genetik tanaman durian di Pulau Jawa tergolong tinggi. Indeks similaritas antar kultivar memiliki nilai antara 5,974-8,961. Dendogram menunjukkan adanya 2 kelompok besar dengan nilai koefisien similaritas sebesar 0,70-0,90. Kultivar durian yang berasal dari Jawa Timur mengelompok pada kelompok I, kultivar durian yang berasal dari Jawa Barat mengelompok pada kelompok II, sedangkan kultivar durian yang berasal dari Jawa Tengah dan Yogyakarta menyebar pada kedua kelompok tersebut.

Durian is a native fruit from Indonesia that have highly economic value. Genetic variation and phenetic relationship between durian cultivar could be determine using Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) technique, easier and faster than other technique. The purpose of this reasearch were to identify and analyze genetic variation and phenetic relationship of durian cultivar in Java based on RAPD marker. The sample were durian leaf from 20 cuktivar that collected from 4 province in Java and as East Java, Central Java, Yogyakarta, and West Java. DNA was isolated from leaf using Nucleon-Phytopure, and was amplified by PCR using 7 random primers. The PCR product analyze using electrophoresis gel agarose 1,8% and visualized using UV iluminator. DNA banding pattern scored as binary matriks data and dendogram was constructed using Unweighted Pair Goup Method Arithmetic (UPGMA) (method from Numerical Taxonomy and Multivariate System (NTSYS) 2.1pc version. Based on DNA banding pattern, the polymorphism percentage was 83,69%. It showed that durian plant in Java have highly genetic variation. The dendogram showed 2 cluster with similarity coeficient 0,70-0,90. Durian from East Java is clustered into first cluster while durian from West Java clustered into second cluster, whereas durian from Central Java and Yogyakarta are separated into both cluster.

Kata Kunci : variasi genetik, hubungan kekerabatan fenetik, durian, RAPD