PEMANFAATAN MIKROSATELIT SEBAGAI MARKA GENETIK UNTUK SIFAT KETERGANTUNGAN JAGUNG TERHADAP MIKORIZA

SANTI AJI MAWARNI, Dr. Ir. Jaka Widada, M.P

2012 | Tesis | S2 Bioteknologi

Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui tingkat ketergantungan berbagai genotipe jagung terhadap mikoriza dan mengetahui genotipe jagung yang terdeteksi oleh marker mikrosatelit, dalam kaitannya dengan sifat ketergantungan terhadap mikoriza. Data hasil pengamatan respons tanaman jagung terhadap mikoriza dianalisis dengan analisis varians dua arah dan dilanjutkan dengan uji beda nyata terkecil (α = 5%). Data hasil PCR-mikrosatelit dari DNA jagung dianalisis dengan program NTSYS, WinDist, GenAlex. Untuk mengetahui genotipe jagung yang terdeteki oleh marker mikrosatelit, dalam kaitannya dengan sifat ketergantungan terhadap mikoriza dilakukan dengan uji konkordansi Kendall tau-b pada program pengolahan data statistika SPSS 17.0. Hasil penelitian menunjukkan bahwa genotipe ‘Bisma’, Gunungkidul, Kretek, ‘BISI-816’ dan ‘BISI-2’ memiliki tingkat ketergantungan terhadap mikoriza tinggi, sedangkan genotipe Gulukguluk, Talangoh dan Manding memiliki tingkat ketergantungan terhadap mikoriza sedang. Genotipe jagung dapat dideteksi dengan keragaman marker mikrosatelit, dalam kaitannya dengan sifat ketergantungan terhadap mikoriza. Pita DNA pada genotipe Kretek, Gunungkidul, ‘Bisma’, ‘BISI-2’ dan ‘BISI-816’ yang berukuran ± 400bp dan ± 300bp, yang diamplifikasi oleh primer phi374118 diduga sebagai kandidat penanda DNA yang terkait dengan sifat ketergantungan tinggi terhadap mikoriza.

This study aims to genotype maize based on a set of microsatellite markers and to relate the genotypes with dependence of maize upon mycorrhizas. The observed response of maize to mycorrhiza were analyzed by two-way analysis of variance and followed by least significant difference test with α = 5%. Results of genotyping maize were analyzed with NTSYS, WinDist, and GenAlex programs. Relationship of the marker genotypes with maize dependence upon mycorrhizas were quantified by Kendall tau-b concordance test in statistical data processing SPSS 17.0 program. The results showed that the 'Bisma', Gunungkidul, Kretek, 'BISI-816' and 'BISI-2' have high level of dependence upon mycorrhizas. Genotypes of Gulukguluk, Talangoh and Manding have intermediate level of dependence upon mycorrhizas. From the set of markers used in this study, two could be related to the dependence upon mycorrhizas. Bands of DNA on genotypes of Kretek, Gunungkidul, 'Bisma', 'BISI-2' and 'BISI-816' that the sized ± 400bp and ± 300bp, which was amplified by phi374118 primer were suspected as a candidate DNA markers that concerned with dependence upon mycorrhizas on high.

Kata Kunci : mikoriza, ketergantungan, jagung, genetik, mikrosatelit.