OPTIMASI POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) DARI PROMOTER 35S CaMV UNTUK IDENTIFIKASI TANAMAN TRANSGENIK

Haitami S.Si, Prof. Sismindari, Apt., SU., Ph.D.

2011 | Tesis | S2 Ilmu Kimia

Teknologi tanaman transgenik saat ini berkembang sangat pesat dan diperkirakan akan semakin meningkat peredarannya di pasaran. Oleh karena itu diperlukan suatu metode untuk mendeteksi produk rekayasa genetika tersebut, yang dapat membedakan dari produk non-rekayasa. Deteksi dapat dilakukan melalui identifikasi promoter 35S CaMV dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR), oleh karena kebanyakan tanaman transgenik menggunakan promoter jenis tersebut. Untuk itu perlu dilakukan optimasi proses amplifikasi promoter 35S CaMV, agar diperoleh hasil yang baik. Pada penelitian ini optimasi dilakukan terhadap suhu penempelan dan jumlah cetakan DNA. Penelitian diawali dengan melakukan ekstraksi dan purifikasi sampel DNA kacang kedelai menggunakan metode kit (PureLinkTM Plant Total DNA Purification Kit) dan manual (buffer ekstraksi), yang dilanjutkan dengan proses amplifikasi menggunakan variasi suhu penempelan dan jumlah cetakan DNA. Hasil ekstraksi dan purifikasi DNA sampel kacang kedelai dalam penelitian ini menunjukkan bahwa dengan metode kit didapatkan DNA sebanyak 0,06% (58,5 μg DNA dari 100,0 mg sampel kacang kedelai) dengan tingkat kemurnian 1,77, sedangkan dengan metode manual didapatkan 0,04% (361 μg dari 1,0 g sampel kacang kedelai) dengan tingkat kemurnian 1,88. Hasil optimasi suhu penempelan primer untuk amplifikasi promoter 35S CaMV adalah 550C, sedangkan hasil optimasi jumlah cetakan DNA adalah 300 ng. Kondisi optimum amplifikasi promoter 35S CaMV tersebut dapat dilakukan untuk identifikasi kacang kedelai transgenic secara spesifik, baik menggunakan sampel DNA hasil isolasi DNA dengan metode kit maupun dengan metode manual

At present transgenic plant technology develops quickly and it is expected that the distribution in markets will increase. Therefore, it is necessary to develope a method for detecting the genetically engineered products, which can be distinguished from non-engineered ones. The detection can be done through the identification of 35S CaMV promoter by using the Polymerase Chain Reaction (PCR) method due to the fact that most transgenic plants currently used the kind of promoter. Thus, it is necessary to optimize the 35S CaMV promoter amplification for better results. In this study, the optimation efforts was done for annealing temperatures and the number of template DNA. The study is started by the extraction and purification of soybean DNA samples by using the kit method (PureLinkTM Plant Total DNA Purification Kit) and the manual method (extraction buffer), followed by the amplification process using a variety of annealing temperatures and the number of template DNA. Results of the extraction and purification of the soybean DNA samples in the study showed that using the kit method, DNA obtained were 0.06% (58.5 μg from 100.0 mg soybean samples) with a purity level of 1.77, and using the manual method were 0.04% (361 μg of 1.0 g soybean samples) with a purity level of 1.88. Result of the optimation of primary annealing temperatures for the CaMV 35S promoter amplification was 550C, while for the number of template DNA was 300 ng. Optimum condition of the 35S CaMV promoter amplification could be used to specifically identify the transgenic soybeans using the samples of DNAs resulted from either kit method and the manual method

Kata Kunci :