Deteksi dini dan serotiping sampel klinik virus dengue menggunakan RT-PCR 2 primer

SIREGAR, Abdul Rahman, dr. Tri Wibawa, Ph.D

2010 | Tesis | S2 Bioteknologi

Penyakit Demam Berdarah Dengue (DBD) memiliki spektrum klinis yang sangat luas. Hal ini menuntut adanya diagnosa laboratorium yang cepat, murah, sensitif, spesifik dan akurat untuk mendeteksi keberadaan Virus Dengue sehingga tindakan klinis dapat segera diberikan. Sampai saat ini belum ada metode deteksi yang dapat memenuhi syarat tersebut. Uji yang ada membutuhkan waktu lama dan biaya yang cukup mahal sehingga tidak terjangkau masyarakat luas. Beberapa metode deteksi yang sudah dikembangkan adalah isolasi Virus Dengue, deteksi IgG dan IgM, serta deteksi asam nukleat dengan PCR. Dilaporkan bahwa metode deteksi dini untuk penyakit DBD dengan Multiplex RT-PCR telah berhasil dikembangkan. Metode deteksi ini relatif cepat dan sederhana dibandingkan dengan isolasi Virus Dengue. Metode ini memiliki sensitifitas dan spesivitas sangat tinggi yaitu: 100% pada demam hari ke 1-3. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan metode deteksi dini serotiping Virus Dengue dengan RT-PCR 2 primer: Dcon dan preM dengan suhu annealing 57oC. Sampel darah penderita DBD yang telah didiagnosa positif DBD dengan NS1 kit dikumpulkan dari Rumah Sakit Persahabatan DKI Jakarta dan Rumah Sakit Prof. Dr. Sardjito DI Yogyakarta selama bulan Februari-Agustus 2009. Hasil menunjukkan bahwa primer yang didesain mampu mendeteksi keberadaan Virus Dengue pada fase awal demam (hari ke 1-3) dan juga mampu menganalisis serotipe Virus Dengue, terutama DEN1 dan DEN2, namun belum bisa membedakan antara DEN3 dan DEN4. Metode ini juga dapat diterapkan pada kasus double infection DEN2-DEN3, sedangkan kasus double infection lainnya belum dapat diterapkan karena pita DNA yang dihasilkan belum spesifik. Dari hasil yang diperoleh dapat disimpulkan bahwa metode RT-PCR 2 primer ini memberikan harapan untuk pengembangan alat deteksi dini sekaligus serotiping Virus Dengue pada pasien suspek DBD.

Since Dengue Haemorrhagic Fever (DHF) has a very broad clinical spectrum, the rapid, cheap and accurate laboratory diagnosis is absolutely needed. Commontly used diagnostic methods is expensive and time consuming and can not be reached by common peoples. Recently several methods for confirming Dengue Virus have been developed involve virus isolation, detection of virus antigen, and nucleic acid using PCR. It has been reported that rapid detection method for confirming DHF by Multiplex RT-PCR had been successfully developed. It was more simple and rapid than the other methods with a high sensitivity and specivicity were 100% at the early phase (day 1-3). This study was designed to develop rapid detection and serotyping methods for Dengue Virus using RT-PCR 2 primers (Dcon and preM) with annealing temperature was 57oC. The whole blood samples were collected from suspected dengue fever patients that had been confirmed with NS1 kit from RS Persahabatan DKI Jakarta and RSUP Prof. Dr. Sardjito DI Yogyakarta during Februari-August 2009. The PCR products showed that in 12 samples, 100 % were postitive with different pattern among the serotypes especially for DEN1 and DEN2, but not for DEN3 and Den4. This method was also able to confirm the double infection DEN2-DEN3, but not for the other ones because of the unspecific pattern. From the results, it indicated that the 2 primers can be a promising rapid detection and serotyping method of Dengue Virus which infected the DHF patients.

Kata Kunci : Virus dengue,DBD,Deteksi dini,Serotipe,RT,PCR 2 Primer, Dengue Virus, DHF, early detection, serotyping