Deteksi gen nuc Staphylococcus dan elt Escherrichia coli pada susu segar di DIY dan Jawa Tengah

WAHYUNI, Endang, Dra. Susi Iravati, Apt., Ph.D

2009 | Tesis | S2 Bioteknologi

Susu merupakan media pertumbuhan yang sesuai untuk mikroorganisme, sehingga muncul kasus milk borne desease dalam jumlah kecil maupun besar. Staphylococcus aureus dan Escherichia coli adalah bakteri yang sering ditemukan dalam susu dan produknya sebagai penyebab infeksi pada manusia. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi dan mendeteksi S. aureus dan Enterotoxigenic Escherichia coli-Labile toxin (ETEC-LT) dalam susu. Untuk tujuan tersebut, sebanyak 93 sampel susu sapi diisolasi dan dideteksi gen nuc dan elt dengan metode PCR dan hibridisasi dotblot. Primer oligonukleotida sintetis 21 dan 24 basa, digunakan dalam PCR untuk mengamplifikasi sekuen gen nuc, gen yang mengkode nuklease termostabil dari S. aureus. Sementara primer 20 dan 19 basa untuk mengamplifikasi sekuen gen elt, gen yang mengkode labile toxin dari ETEC. Ukuran fragmen hasil PCR adalah 270 bp untuk S. aureus dan 322 untuk ETEC-LT. Produk PCR divisualisasi dengan elektroforesis gel agarosa 2% dan digunakan sebagai probe dalam hibridisasi dotblot. Probe DNA nuc dan elt adalah hasil PCR primer spesifik dari bakteri standar S. aureus dan ETEC-LT referensi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa diantara 28 isolat S.aureus dan 25 E.coli, terdeteksi 19 (67,86%) nuc S.aureus dan 15 elt (60%) ETEC-LT dengan PCR, sedangkan dengan hibridisasi dotblot terdeteksi 19 (67,86%) nuc S.aureus dan 15 (60%) elt ETEC. Hasil hibridisasi 93 sampel susu ditemukan S. aureus dari 40 (43%) sampel susu dan ETEC-LT dari 29 (31,18%) sampel susu di beberapa wilayah DIY dan Jawa Tengah. Hibridisasi dotblot dengan probe DNA bakteri referensi dapat mendeteksi gen nuc Staphylococcus aureus dan elt Escherichia coli pada sampel susu secara langsung.

Raw milk represents an ideal growth medium for microorganisms. The frequency of both small and large-scale outbreaks of illness attributed to milk borne. Staphylococcus aureus and Escherichia coli underscores the importance of milk and milk products as vehicles of human infection. For these reasons, the presence of S. aureus and Escherichia coli in raw milk remains a public health hazard. The objective of this study is isolation and detection of nuc S. aureus and ETEC-LT I from raw milk. PCR and hibridization blot were used to analyzed nuc and elt form 93 samples of cow milk. The sequence of nuc gene was amplified using 21 and 24 bases oligonucleotide primer, which encode the thermostable nuclease of S. aureus. While 20 and 19 bases were used to amplify the sequence of elt gene, which encode the labile toxin I of ETEC. The PCR products of 270 bp and 322 bp repesctively, were amplified from isolated DNA of S.aureus and ETEC cells. The PCR products were detected by 2% agarose gel electrophoresis and dotblot analisis by nuc and elt genes hybridization. DNA probe for hybridization analisis were obtanied from standart of S. aureus and ETEC-LT reference. The result showed from 28 isolates of S. aureus were detected 19 (67,86%) nuc S. aureus and from 25 isolates of E.coli were detected 15 elt (60%) by PCR, while by hibridization method were detected 19 (67,86%) nuc S. aureus and 15 (60%) elt ETEC. At some areas of DIY and central Java were found S. aureus in 40 (43%) and ETEC-LT I in 29 (31.18%) from 93 milk sample by hibridization. Dotblot hibridization using DNA probe from reference bacteria was able to detect nuc Staphylococcus aureus and elt Escherichia coli from milk sample directly.

Kata Kunci : Nuc,Elt,Staphylococcus aureus,Hibridisasi dotblot,Susu,hibridization dotblot, milk