Sintesis probe untuk deteksi virus Jembrana berdasarkan gen Env-TM Jembrana disease virus

HAMID, Penny Humaidah, Dr. drh. Asmarani Kusumawati, M.P

2009 | Tesis | S2 Bioteknologi

Penyakit Jembrana disebabkan oleh Jembrana Disease Virus (JDV) yang menyerang sapi Bali (Bos javanicus) sebagai hospes definitif. Infeksi JDV menjadi masalah serius bagi pengembangan sapi Bali sehingga sistem deteksi dini penting dalam kebijakan karantina untuk mencegah kerugian serta persebaran JDV selanjutnya. Adanya sistem deteksi sensitif dan akurat menjadi faktor penting dalam pengawasan penyebaran penyakit dan status kesehatan hewan peternakan. Tujuan penelitian ini adalah membuat probe yang berasal dari sekuen gen env-tm JDV untuk deteksi penyakit Jembrana dan menguji spesifitas serta sensitifitas probe sebagai alat diagnosis penyakit Jembrana. Dalam penelitian ini digunakan gen env-tm JDV yang sebelumnya telah diklon pada pGEX-TM dan diekspresikan dalam E coli DH5 a. Probe JDV disintesis dengan PCR labelling menghasilkan probe DNA non-radioaktif JT2 sepanjang 252 bp. Dari hasil analisis BLAST, desain probe JT2 memiliki spesifitas yang tinggi dengan strain JDV di Indonesia. Deteksi JDV dilakukan dengan hibridisasi dot-blot probe dengan RNA total jaringan limpa dan darah sapi Bali terinfeksi JDV dibandingkan dengan kontrol. Probe mampu mendeteksi RNA JDV dalam RNA total jaringan hingga konsentrasi RNA yang digunakan 10 pg/ul.

The availability of sensitive and accurate method to detect infectious agent is essential for monitoring the health status of farmed species, particularly in an acute viral disease as in this case early diagnosis is a critical factor in disease outbreaks. Jembrana Disease Virus (JDV) is a pathogenic Lentivirus affecting Bali cattle (Bos javanicus). This research was aimed to synthesize nucleic acid probe based on env-tm gene of Jembrana Disease Virus (JDV). The method was assessed with respect to sensitivity and specifity for JDV diagnosis. The DNA fragment derived from env-tm of JDVwas used as probe, cloned in pGEX-TM and expressed in E.coli DH 5a. Probe was designed based on the conserved region of env-tm and labeled radioactively using PCR method resulted in JT 2 252 bp long. BLAST and dot-blot hybridization analys es showed that probes had high specifity with other strains of JDV in Indonesia. Probes were able to detect viral RNA up to 10 pg/ul of total RNA sample.

Kata Kunci : Probe,Env,TM,JDV,Hibridisasi dot,blot,Sensitifitas,Spesifitas, probe, env-tm, JDV, dot-blot hybridization, specifity, sensitivity