Analisis Urutan Nukleotida Gena Penyandi Protein E6 Human Papilloma Virus Tipe 16 dari Penderita Karsinoma Serviks di RSUP. DR. Sardjito Yogyakarta

AMTARINA, Rina, DR. Med. dr. Indwiani Astuti

2008 | Tesis | S2 Ilmu Kedokteran Tropis

Karsinoma serviks merupakan jenis karsinoma yang paling banyak diderita oleh wanita di berbagai negara berkembang. Penelitian secara biologi molekuler menunjukkan bahwa Human Papilloma (HPV) berperan dalam patogenesis karsinoma serviks. Peningkatan ekspresi E6 dan E7 diketahui dapat memicu terjadinya transformasi keganasan dari sel hospes dan terbentuknya tumor. Banyak regio E6 dari beberapa isolat HPV tipe 16 menunjukkan perubahan susunan asam amino yang mempengaruhi implikasi biologik dan aktivitas fungsional virus tersebut. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui susunan urutan nukleotida gena penyandi protein E6 HPV tipe 16 dari penderita Karsinoma Serviks di RSUP Dr.Sardjito Yogyakarta periode Oktober 2007-Februari 2008 dan mengetahui ada tidaknya varian pada susunan asam amino protein E6 tersebut. Penelitian ini dilakukan terhadap 31 jaringan biopsi dan operasi dari penderita Karsinoma serviks yang berobat di RSUP Dr. Sardjito. DNA virus diisolasi dari jaringan tersebut dan gena penyandi protein E6 HPV tipe 16 diamplifikasi menggunakan primer spesifik. Produk PCR disekuensing menggunakan mesin otomatis DNA sekuenser. Hasil penelitian berhasil diketahui susunan urutan nukleotida gen E6 HPV tipe 16 dari sampel penelitian. Ditemukan 13 macam varian susunan nukleotida yang menyebabkan perubahan asam amino yang berhasil dideteksi yaitu pada nukleotida T109C, C116A, G124A, G132T, C143G, A144G, A276G, T286A, A289G, C335T, A403G, G489C, G491T. Dibandingkan dengan sekuen sampel negara lain, tampak perubahan pada kodon-kodon diatas juga dijumpai pada sekuen Afrika tipe 1 dan 2 serta Australia. Kesimpulan dari penelitian ini adalah gen E6 HPV tipe 16 dari penderita Karsinoma Serviks di RSUP Dr. Sardjito Yogyakarta telah berhasil diamplifikasi dan disekuen dan berhasil dideteksi variasi pada susunan urutan nukleotida menyebabkan timbulnya polimorfisme dengan berubahnya susunan asam amino yang dibentuk pada sekuen sampel.

Background : Human Papilloma virus (HPV) infection has been known as the major cause of cervical cancer which represent the leading causes of morbidity among women worldwide. E6 and E7 ORFs contain the transforming ability of HPV and was the first indication of an important role for these genes in HPV associated tumorigenesis. Some of the changes in E6 may alter biological properties and protein function. The aim of this study is to analyze the sequence of the gene encoding E6 protein of HPV 16 from Cervical Carcinoma patients at Dr. Sardjito Hospital Yogyakarta period October 2007-February 2008. Methods :Thirty one cervical cancer patients were studied. The viral DNA were isolated from the cervical tissue using standard method. The viral type were determined by PCR using specific primers for HPV 16. The gene encoding E6 protein of HPV 16 were amplified using specific primers and sequenced using automated DNA sequencer machine. Results : after HPV typing, the entire HPV 16-E6 coding region was amplified and sequenced in all samples. We detected total 13 variants of nucleotide from all sequence samples that caused a base substitution in the E6 coding region, resulting in amino acid changes namely T109C, C116A, G124A, G132T, C143G, A144G, A276G, T286A, A289G, C335T, A403G, G489C, G491T. Compared to another sequence from whole world, we detected the same nucleotide changes especially on Africa type 1, Africa type 2 and Australian strain. Conclusion: The entire HPV 16-E6 coding region had been amplified and sequenced successfully. There were nucleotide changes that caused polymorphisms of amino acid sequence.

Kata Kunci : Human Papilloma Virus,Karsinoma Serviks,Protein E6,Asam Amino Polimorfisme,HPV type 16, Cervical Carcinoma, protein E6, nucleotide, amino acid, polymorphisms.