Laporkan Masalah

Analisis hubungan kekerabatan ikan kerapu asal Indonesia berdasarkan Sekuen 5S-rDNA

YASA, Ngurah Sedana, Dr. Rarastoeti Pratiwi, M.Sc

2007 | Tesis | S2 Bioteknologi

Ikan kerapu merupakan salah satu komoditas perikanan yang memiliki keragaman spesies dan nilai ekonomi tinggi. Keanekaragaman genetik kerapu dapat dimanfaatkan dalam budidaya kerapu untuk mendapatkan sifat-sifat unggul melalui hibridisasi analisis molekular. Selama ini masih jarang dilakukan analisis molekular untuk melihat hubungan kekerabatan antar jenis ikan kerapu di Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis hubungan kekerabatan ikan kerapu dari perairan Indonesia berdasarkan sekuen 5S rDNA. Materi DNA genom dari enam spesies kerapu (Epinephelus fuscoguttatus, Epinephelus lanceolatus, Epinephelus coioides, Epinephelus malabaricus, Cromileptes altivelis dan Plectropomus leopardus) diekstrak menggunakan metode lisis alkali yang dikembangkan oleh Wasko dkk. Gen 5S rDNA diamplifikasi dengan primer spesifik dan hasil amplifikasi gen 5S rDNA dipotong menggunakan enzim BamHI/EcoRI dan disisipkan pada vektor pBSKSII untuk dikloning. Hasil kloning selanjutnya disekuensing menggunakan primer pUC/M13. Hasil analisis BLAST menunjukkan belum terdapat sekuen 5S rDNA ikan kerapu yang terdaftar di genebank. Homologi sebesar 69% dijumpai terhadap ikan Danio rerio dan beberapa hibrid ikan nila dengan nilai (31%). Analisis multiple alignment menunjukkan daerah yang tidak ditranskripsi (NTS) memiliki variasi genetik yang lebih tinggi (55,47%) jika dibandingkan sekuen total (43,13%) dan daerah yang ditranskripsi (TS) (27%). Analisis hubungan kekerabatan yang dibuat menggunakan program CLC Free Workbench menunjukkan Epinephelus fuscoguttatus lebih dekat kepada Epinephelus lanceolatus, Epinephelus coioides lebih dekat kepada Epinephelus malabaricus dan Cromileptes altivelis lebih dekat kepada Plectropomus leopardus.

Grouper is one of the economically important fish species. Genetic variability among grouper can be utilized to overcome various limiting factor in its culture through hybridization. However analysis for molecular genetic variability and relationship among grouper species is remain to be explored. The objective of this research is to analyze phylogenetic relationship among grouper species in Indonesia based on 5S rDNA sequence. Genomic DNA of six grouper species (Epinephelus fuscoguttatus, Epinephelus lanceolatus, Epinephelus coioides, Epinephelus malabaricus, Cromileptes altivelis and Plectropomus leopardus) were extracted by lysis alkali method developed by Wasco et al. and region of 5S rDNA gene was amplified using specific primer. The amplified sequence were cloned into pBSKSII and were sequenced using pUC/M13 primer. Result of BLAST analysis showed that there is a homology of Danio rerio (69%) and Oreochromis hybrids (31%). Clustal W (1.83) analysis showed that the non transcribed spacer have a higher genetic variability (55,47%) than total sequence (43,13%) and transcribed sequence (27%). Phylogenetic analysis showed that there is a phylogenetic relationship among grouper where Epinephelus fuscoguttatus was closely related to Epinephelus lanceolatus, Epinephelus coioides was closely related to Epinephelus malabaricus and Cromileptes altivelis was closely related to Plectropomus leopardus.

Kata Kunci : Genetik Ikan Kerapu,Variasi,Gen 5S rDNA, grouper, interbreeding, 5S rDNA, phylogenetic analysis


    Tidak tersedia file untuk ditampilkan ke publik.