DNA Polimerase dari bakteri Hipertermofilik hasil isolasi dari kawah Sikidang Dieng, Jawa Tengah

WIBAWA, Dionysius Andang Arif, Ir. Irfan D. Prijambada, M.Eng.,Ph.D

2008 | Tesis | S2 Bioteknologi

Hipertermofil merupakan kelompok mikrooganisme yang mampu hidup pada suhu di atas 70oC bahkan dapat hidup sampai pada suhu 113oC. Mikroorganisme termofilik dan hipertermofilik memiliki potensi besar sebagai penghasil biokatalis tahan panas. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi DNA polimerase dari isolat mikroorganisme hipertermofilik yang berasal dari kawah Sikidang Dieng, Jawa Tengah. Isolat ditumbuhkan dalam medium cair Luria–Bertani (LB) yang dimodifikasi pada suhu inkubasi 70oC selama 3x24 jam. Isolasi dan purifikasi DNA polimerase dilakukan dengan mengunakan pemanasan, kromatografi penukar ion, dan kromatografi gel filtrasi. Profil protein termostabil dianalisis dengan menggunakan SDS-PAGE 12%. Plasmid PTIS digunakan sebagai DNA template dalam Polymerase Chain Reaction (PCR) untuk menguji DNA polimerase hasil isolasi. Isolat diidentifikasi dengan analisis urutan nukleotida 16S rDNA. Hasil penelitian menunjukkan bahwa DNA polimerase dari isolat dapat digunakan untuk PCR. Analisis SDS-PAGE 12% menunjukkan bahwa hasil isolasi DNA polimerase dari isolat belum murni. Berdasarkan analisis urutan nukleotida dapat disimpulkan bahwa isolat bakteri memiliki kemiripan urutan nukleotida 16S rDNA dengan genus Brevibacillus dari kelompok bakteri mesofilik.

Hyperthermophyl microorganisms are microorganisms which are able to live at a temperature higher than 70oC, and on even up to 113oC. Thermophylic and hyperthermophylic microorganisms have a potency to be used as a heat resistant biocatalyst producers. The aim of this study was to isolate DNA polymerase from a hyperthermophylic microorganism isolated from Sikidang Crater, Dieng, Central of Java. The isolated microoganism was cultivated in liquid modified Luria-Bertani medium (LB) at 70oC and incubated for 3x24 hours. Isolation and purification of DNA polymerase was carried out by heating, ion-exchange chromatography and gel filtration chromatography. Thermostable protein profile was analyzed using SDS-PAGE 12%. IPTS plasmid was used as DNA template in Polymerase Chain Reaction (PCR) to test the performance of the obtained DNA polymerase. The isolated microorganism was identified by the sequencing its 16S rDNA. The result indicated that the DNA polymerase of isolate was capable to be used in PCR. Enzyme analysis using SDS-PAGE 12% showed that the DNA polymerase isolated has not been pure yet. Base on the nucleotide sequence, the isolate was concluded to be an eubacteria which has a similarity in its 16S rDNA sequence to member of the genus Brevibacillus which are mesophilic bacterium.

Kata Kunci : DNA Polimerase,Hipertermofilik,PCR, hyperthermophylic, DNA polymerase, PCR, 16S rDNA.