Deteksi mutasi G71R Gena UGT1AI pada Neonatus dengan metode Denaturing High Performance Liquid Chromatography (DHPLC)

SUTOMO, Retno, dr. Sunartini Hapsara, Ph.D.Sp.A(K)

2007 | Tesis | PPDS I Ilmu Kesehatan Anak (Spesialis Anak)

Pendahuluan. Mutasi G71R pada gena UGT1A1 berkaitan dengan ikterus neonatus dan kondisi lain dengan hiperbilirubinemia tak terkonjugasi herediter pada beberapa populasi Asia. Saat ini, sekuensing DNA merupakan satu-satunya metode yang tersedia untuk analisis mutasi tersebut, termasuk untuk deteksinya dalam penelitian-penelitian genetika populasi. Akhir-akhir ini, suatu metode yang relatif baru, denaturing high performance liquid chromatography (DHPLC), semakin banyak dipakai untuk mendeteksi berbagai jenis mutasi. Dalam penelitian ini, DHPLC dipakai untuk mendeteksi mutasi G71R dan dibandingkan dengan analisis sekuensing DNA sebagai baku emas. Metode. Penelitian ini merupakan uji diagnostik dengan rancangan potong lintang yang melibatkan 72 neonatus. Setelah ekstraksi DNA genomik, ekson 1 gena UGT1A1 diamplifikasi dengan reaksi rantai polimerase. Selanjutnya, dilakukan analisis DHPLC dan sekuensing DNA secara simultan dan tersamar untuk mengetahui ada tidaknya mutasi G71R. Nilai diagnostik DHPLC dibandingkan dengan analisis sekuensing DNA dalam hal sensitivitas, spesifisitas, nilai duga dan rasio kemungkinan. Hasil. DHPLC mendeteksi mutasi pada 31 individu, mencakup 26 individu dengan mutasi heterozigot dan 5 dengan mutasi homozigot, dan tidak ditemukan mutasi pada 42 individu. Analisis sekuensing DNA memperlihatkan hasil yang identik dengan hasil analisis DHPLC pada semua individu. Simpulan. Analisis DHPLC memiliki keakuratan setara dengan analisis sekuensing dalam mendeteksi mutasi G71R pada gena UGT1A1 dengan sensitivitas dan spesifisitas masing-masing 100%.

Introduction. The G71R mutation in the UGT1A1 gene has been associated with neonatal jaundice and other hereditary unconjugated hyperbilirubinemia in several Asian populations. Currently, DNA sequencing is the only method available to analyze the mutation, including for its detection in population-based genetic studies. A relatively new developed method, denaturing high performance liquid chromatography (DHPLC), was recently increasingly used to detect various mutations. In present study, DHPLC was applied to detect the G71R mutation and compared it with a gold standard of DNA sequencing analysis. Method. It was a diagnostic study with cross sectional design, involving 72 neonates. Following genomic DNA extraction, exon 1 of the UGT1A1 gene was amplified by polymerase chain reaction (PCR). Thereafter, the G71R mutation was simultaneously and blindly determined in all subjects by DHPLC and sequencing analysis. The diagnostic value of the DHPLC analysis was calculated in comparison to the sequencing analysis in terms of sensitivity, specificity, predictive values and likelihood ratios. Results. DHPLC detected mutation in 31 individuals, including 26 heterozygous and 5 homozygous mutations, and no mutation in other 41 individuals. Sequencing analysis showed completely identical results with those of DHPLC analysis in all individuals. Conclusion. DHPLC analysis has accuracy equal to the sequencing analysis in detecting the G71R mutation of the UGT1A1 with sensitivity and specificity of 100%, respectively.

Kata Kunci : mutasi G71R, DHPLC, sekuensing DNA, uji diagnostik, nilai diagnostik, G71R mutation, DNA sequencing, diagnostic study, diagnostic value