Analisa sekuen fragmen Gen Hemaglutinin Virus Avian Influenza isolat asal ayam kampung asal Malang, Demak dan Purworejo

PUTRI, M.Th. Khrisdiana, drh. Widya Asmara, SU.,Ph.D

2006 | Tesis | S2 Sain Veteriner

Virus Avian Influenza (VAI) merupakan virus influenza tipe A, anggota famili Orthomyxoviridae, berukuran medium, merupakan virus RNA pleomorphic dengan simetri helix dan proyeksi glikoprotein dari amplopnya yang memiliki aktivitas hemaglutinasi dan neuraminidase. Berdasarkan antigenesitas glikoproteinnya, virus ini dibagi menjadi 16 H (H1-H16) dan 9 N (N1-N9). Konsekuensi dari virus bergenom RNA bersegmen adalah mudah mengalami adaptasi baik melalui mutasi maupun genetic reassortment. Ayam kampung dipilih sebagai bahan penelitian ini karena rawan terjangkit dan pemeliharaannya masih bersifat tradisional. Kontak langsung antara peternak, hewan lain, ayam dan limbah ekskresinya sangat besar sehingga sangat berpotensi terjadi penularan interspesies dan antar spesies. Oleh karena itu penelitian ini dilakukan dengan tujuan untuk mengetahui variabilitas sekuen fragmen gen hemaglutinin VAI pada spesies ayam kampung dari daerah yang berbeda serta hubungan kekerabatan genetik VAI antara isolat asal ayam kampung dengan isolat Indonesia lainnya yang berada di gene bank. Isolat 4A dan 25A berasal dari Purworejo, isolat 28A berasal dari Demak, dan isolat 40A berasal dari Malang. Isolat tersebut dianalisa dengan metode RTPCR. Sekuen yang diperoleh dianalisa menggunakan program Clustal W versi 1.83 untuk mengetahui tingkat homologinya kemudian dianalisa hubungan kekerabatannya menggunakan Phyllip versi 3.65 dengan program parsimony. Kesimpulan yang dapat diambil terhadap isolat-isolat ini adalah isolat ayam kampung dari daerah yang berbeda ternyata masih menunjukkan homologi yang tinggi sehingga bisa dikatakan tidak ada variabilitas di antara keempat isolat tersebut, hubungan kekerabatan genetik VAI isolat 4A, 25A, 28A dan 40A dengan isolat unggas lain yang berada di gene bank menunjukkan hubungan yang dekat meskipun isolat-isolat ini membentuk klaster yang berbeda dengan isolat Indonesia lainnya sehingga perlu diadakan penelitian serta analisa lebih lanjut mengenai cleavage site dan RBS gen hemaglutinin dari isolat-isolat ini untuk mengetahui tingkat patogenesitas dan spesifitas hospes terutama dalam hubungannya dengan penularan pada manusia.

Avian Influenza Virus (AIV) is a type A of Influenza virus, a member of Orthomyxoviridae family, of medium size, which is a pleomorphic RNA virus with helix symmetry and glycoprotein projection from its envelope whose activities are hemagglutination and neuraminidase. Based on the antigenesity of its glycoprotein, the virus could be divided into 16 H (H1-H16) and 9 N (N1-N9). The consequence of segmented RNA genom virus is easily adaptable through mutation as well as genetic reassortment. The native chicken was chosen for this research because it is prone to this disease and raised traditionally. Direct contact between breeder, other animals, chickens and its waste is so potential to stimulate infection interspecies and among species. That is why the aim of this research is to find out the sequence variability of hemagglutinin gene fragments of AIV on native chicken from different areas and the relations of AIV genetic relationship between the isolate of the native chicken’s origin and other Indonesian isolate in the gene bank. The 4A and 25A isolate was from Purworejo, 28A isolate was from Demak, and 40A isolate was from Malang. The HA gene of those isolates were amplified by RT-PCR and their sequences were identified by cycle sequencing (ABI PRISM model 377A version 3.4.1). The sequences yielded was analyzed by using Clustal W 1.83 in order to reveal the degree of its homology, and then the genetic relationship was analyzed by applying Phyllip 3.65 software package using parsimony program. The result indicate that AIV native chicken’s isolate from different region still had high homology rate so there were no variability between these isolates, the genetic relationship had shown that although these isolates had formed cluster which was different from the Indonesian isolate in the gene bank, still they had close relation. With the result that it needs further research and analysis about cleavage site and RBS of those isolates to better understand the pathogenicity rate and host specifity particulary in this connection with the transmission in human.

Kata Kunci : Virus Avian Influenza,Morfologi,Gen Hemaglutinin,Hemagglutinin gene, Avian Influenza Virus, Native chicken, Local