Analisis variabilitas genetik isolat Mycobacterium tuberculosis dari daerah Jawa Timur dengan pendekatan Random Amplified Polymorphic DNA-Polymerase Chain Reaction (RAPD-PCR)

LESTARI, Pujiana Endah, drh. Widya Asmara, SU.,Ph.D

2006 | Tesis | S2 Ilmu Kedokteran Gigi

Tuberkulosis (TBC) merupakan penyakit yang mudah menular yang dalam tahun-tahun terakhir ini memperlihatkan peningkatan jumlah kasus baru maupun jumlah angka kematiannya. M. tuberculosis merupakan bakteri penyebab utama terjadinya TBC paru maupun TBC ekstraparu pada mukosa rongga mulut dan tulang rahang. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui variabilitas genetik isolat M. tuberculosis dari daerah Jawa Timur. Enam sampel isolat M. tuberculosis dari daerah Jawa Timur diperoleh dari Balai Besar Laboratorium Kesehatan Surabaya yang berasal dari Jember, Probolinggo, Surabaya, Gresik, Lamongan dan Trenggalek. Setelah M. tuberculosis dinonaktifkan, DNAnya diisolasi dan dipurifikasi. Deteksi genotip dihasilkan dengan teknik RAPD-PCR dengan menggunakan primer IS986-FP. Marker RAPD dipisahkan dengan gel agarose elektroforesis, divisualisasi dengan ethidium bromide dan kemudian dianalis secara kualitatif dan kuantitatif. Hasil penelitian menunjukkan tingkat polimorfisme yang tinggi diantara isolat M. tuberculosis yang berasal dari daerah Jawa Timur. Pengelompokkan M. tuberculosis berdasarkan jarak wilayah dan sifat resistensi obat yang ditransformasikan dalam bentuk dendrogram secara umum terdapat dua cluster. Cluster pertama diwakili oleh sampel isolat M. tuberculosis yang berasal dari daerah Lamongan dan Trenggalek. Cluster kedua yang diwakili oleh isolat M. tuberculosis yang berasal dari daerah Jember, Gresik, Probolinggo dan Surabaya. Pengelompokkan M. tuberculosis berdasarkan hasil uji resistensi menunjukkan bahwa isolat M. tuberculosis NRes yang berasal dari Jember, Probolinggo dan Lamongan tidak menjadi satu cluster tetapi menyebar dalam dua cluster. Kesimpulan M. tuberculosis dari daerah Jawa Timur memiliki tingkat variabilitas genetik yang sangat tinggi.

Tuberculosis (TBC) is an easy spreading disease which show an increasing number of cases and mortalities within the last years. Mycobacterium tuberculosis is the main causative agent for pulmonary or extrapulmonary (e.i. oral mucous and jaw) tuberculosis. This research was aimed to find out the genetic variability M. tuberculosis isolate of East Java area. Six M. tuberculosis isolates obtained from Balai Besar Laboratorium Kesehatan Surabaya were use in this research. They are originated from Jember, Probolinggo, Surabaya, Gresik, Lamongan and of Trenggalek. After being inactivated their DNA were isolated and purified. Genotype detection was carried out by means of RAPD-PCR using IS986-FP primer. The RAPD markers were separated by agarose gel electrophoresis, visualized with ethidium bromide and then analysed by qualitatively and quantitatively manner. The result indicated a high degree of polymorphism among M. tuberculosis of East Java isolates. Clusters of M. tuberculosis based on geographical distance and drug resistance properties transformationed into dendrogram show two main clusters. First clusters represented by sample M. tuberculosis isolate from Lamongan and Trenggalek areas, and second clusters which represented by M. tuberculosis isolate from Jember, Gresik, Probolinggo and Surabaya areas. M. tuberculosis clusters based on drug resistance properties indicate that NRES M. tuberculosis isolate from Jember, Probolinggo and Lamongan areas is disseminating in two cluster. The conclution is the East Java area have a very high genetic variability level of M. tuberculosis.

Kata Kunci : Tuiberkulosis,Resistensi Pengobatan,RAPD,PCR