Klonasi gen penyandi protein selubung utama virus herpes Koi

SARI, Dini Wahyu Kartika, Dr.Ir. Ngadiman, M.Si

2006 | Tesis | S2 Bioteknologi

Virus herpes koi (koi herpesvirus/KHV) merupakan virus yang dapat menyebabkan morbiditas dan mortalitas yang cukup signifikan pada karper dan koi (Cyprinus carpio). KHV merupakan bahan yang imunogenik, tetapi produksi vaksin hidup yang dilemahkan memiliki keterbatasan terjadinya reaktivasi. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan memperoleh klon bakteri yang membawa gen penyandi protein selubung utama (major envelope protein/MEP) KHV isolat Indonesia melalui teknologi DNA rekombinan, sebagai langkah awal pengembangan vaksin berbasis protein. KHV Indonesia diisolasi dari insang ikan yang terinfeksi KHV yang diperoleh dari danau Toba, Sumatra. Gen mep diamplifikasi menggunakan primer yang didesain berdasarkan data dari genebank. Produk amplifikasi diligasikan dengan pBluescript-II KS dan ditransformasikan ke Escherichia coli XL-1 Blue. Plasmid rekombinan yang disolasi dari sel transforman dikonfirmasi dengan pemotongan enzim restriksi dan dilanjutkan pengurutan nukleotida (sequencing). Sekuen mep KHV selanjutnya dianalisis menggunakan program Genetyx, Cromas Pro, BLAST, dan Clustal W. Hasil penelitian menunjukkan bahwa mep KHV isolat Indonesia telah berhasil diklonkan pada E. coli. Hasil pengurutan nukleotida menunjukkan bahwa gen tersebut memiliki ukuran 771 bp, kandungan GC 57,56%, dan berhomologi 100% terhadap isolat-isolat KHV lain di genebank. Karakteristik lain prediksi asam amino MEP KHV isolat Indonesia adalah memiliki pI 8,44, homologi rendah dengan MEP IcHV1 dan RanHV, dan memiliki 11 epitop menurut pola Iad, 1 epitop menurut pola Ied, dan 9 epitop menurut pola Rothbard/Taylor.

Koi herpesvirus (KHV) is a viral disease that causes significant morbidity and mortality in cultured common carp (Cyprinus carpio carpio) and or koi (Cyprinus carpio koi). KHV has immunogenic properties, but production of attenuated viral vaccine has limitation caused by the possibility of reactivation. Therefore, this research was aimed to clone KHV major envelope protein (MEP) gene as first stage to develope of protein based vaccine. Indonesian KHV was isolated from the gill of KHV infected fish that was collected from Toba lake, Sumatra. The mep was amplified by PCR using primers which were designed according to genebank data. The amplicons were ligated to pBluescript-II KS and transformed into Escherichia coli XL-1 Blue. Recombinant plasmid of transforman cells were isolated, confirmed the present of insert by enzimes digestion, and then sequenced. Sequence of mep was subjected to Genetyx, Cromas Pro, BLAST, and Clustal W analysis. The mep of Indonesian KHV have been succesfully cloned into the E. coli. The sequence of KHV mep was compound 771 bp, 57,56% GC content, and shared 100% homology with others KHV in the genebank. Other charateristics of amino acids prediction of Indonesian KHV MEP were pI 8,44, low homology with IcHV1 dan RanHV MEP, and have 11 epitopes according to Iad pattern, 1 epitope according to Ied patern, and 9 epitopes according to Rothbard/Taylor pattern.

Kata Kunci : Virus Herpes Koi,Klonasi,Protein Selubung Utama, Cloning, major envelope protein (MEP), koi herpesvirus (KHV)