Ekspresi protein rekombinan Major Coat Protein Betanodavirus penyebab viral nervous necrosis

ADIPUTRA, Yudha Trinoegraha, Dr.Ir. Jaka Widada, M.P

2006 | Tesis | S2 Bioteknologi

Betanodavirus merupakan penyebab penyakit viral nervous necrosis (VNN) pada ikan yang sangat. Betanodavirus dapat menyebabkan kematian masal pada tahap pembenihan dan pembesaran. Betanodavirus diketahui telah menginfeksi lebih dari 30 spesies ikan air laut dan 2 spesies ikan air tawar. Salah satu fragmen genom betanodavirus yaitu RNA2 mengkode major coat protein (MCP). Klonasi gen penyandi MCP dan ekspresinya pada Escherichia coli merupakan tahapan penting dalam pengembangan vaksin protein rekombinan untuk mengatasi infeksi betanodavirus. Tujuan dari penelitian ini adalah menganalisis sekuen asam amino dan mempelajari ekspresi protein MCP serta optimasi ekspresinya pada E.coli. Analisis sekuen asam amino yang diisolasi dari ikan kerapu bebek (Cromileptes altivelis) menunjukkan homologi tertinggi dengan genotipe MCP dari redspotted grouper nervous necrosis virus. Ekspresi protein MCP dalam pET-28a pada inang E.coli BL21 diperoleh pada fraksi tidak larut. Kondisi optimum ekspresi protein terjadi pada konsentrasi induksi IPTG 0,8 mM, waktu inkubasi 4 jam setelah induksi pada suhu inkubasi 37℃. Protein MCP berhasil dipurifikasi menggunakan agarose Ni-NTA dengan hasil recovery rendah dan berat molekul protein MCP VNN diperkirakan 41,3 kDa

Betanodavirus is causal agents of viral nervous necrosis (VNN) a highy destructive disease during breeding and growout phases of marine aquaculture fishes. Betanodavirus was known can infect more than 30 species marine fishes and 2 species fresh water fishes. Cloning MCP gene and its expression in Escherichia coli were important steps in developing vaccine for controling betanodavirus infection. The aims of this research are to analyze amino acid sequence, determine optimum concentration IPTG, time and temperature for incubation for protein MCP expression in E. coli. Amino acid sequence analysis on RNA2 betanodavirus from humpback grouper (Cromileptes altivelis) showed highest homology with MCP cluster of redspotted grouper nervous necrosis virus. Under pET-28a vector and E. coli BL21 host, MCP was expressed in insoluble fraction and optimum conditions are 0,8 mM IPTG induction and incubation at 37℃ for 4 hours. MCP protein can purified with Ni-NTA agarose with low recovery yield and molecular weight approximately 41.3 kDa.

Kata Kunci : DNA MCP VNN,Betanodavirus, major coat protein, betanodavirus, amino acid analysis, protein expression