Keanekaragaman genetik bakteri pendegradasi Dibenzofuran yang diisolasi dari tanah hutan bakau dengan dan tanpa melalui proses pengayaan

SURYAWAN, Dhani, Dr.Ir. Irfan Dwidya Prijambada, M.Eng

2005 | Tesis | S2 Bioteknologi

Dibenzofuran (DBF) merupakan salah satu senyawa xenobiotik yang toksik dan karsinogenik. Senyawa ini termasuk rekalsitran dan stabil secara kimiawi di alam sehingga bersifat persisten dan sulit didegradasi. Salah satu pendekatan yang efisien dan paling aman untuk mengatasi masalah ini adalah pendekatan biologis dengan memanfaatkan bakteri-bakteri yang mampu mendegradasi senyawa ini. Upaya untuk mengisolasi bakteri-bakteri tersebut masih terus dilakukan guna mengembangkan teknologi bioremediasi. Keanekaragaman genetik bakteri-bakteri tersebut sangat penting untuk mempelajari mekanisme degradasi dibenzofuran secara sempurna di alam. Tujuan penelitian ini adalah mendapatkan isolat- isolat bakteri pendegradasi dibenzofuran dari tanah hutan bakau melalui metode isolasi bakteri dengan dan tanpa melalui proses pengayaan, dan mengetahui kemampuan isolat- isolat yang diisolasi dari tanah hutan bakau dalam mendegradasi dibenzofuran. Hasil RISA menunjukkan bahwa keanekaragaman genetik bakteri-bakteri pendegradasi dibenzofuran yang diisolasi dengan teknik direct plating dan in situ enrichment lebih tinggi dari pada bakteri-bakteri yang diisolasi dengan teknik ex situ enrichment. Dari hasil seleksi diperoleh 9 isolat yang mampu mendegradasi DBFsecara cepat yang ditandai oleh perubahan warna medium cair DBF dari tidak berwarna menjadi kuning. Sembilan isolat tersebut diperoleh melalui teknik isolasi ex situ enrichment. Analisis keanekaragaman genetik isolat- isolat yang diperoleh dengan metode repeated extragenic palindromic sequence genomic fingerprints menggunakan PCR (Rep-PCR) menunjukkan bahwa dari 9 isolat tersebut terdapat 6 isolat yang berbeda secara genetik. Berdasarkan analisis gas-kromatografi (GC), dari 9 isolat tersebut terdapat 5 isolat yang memiliki kemampuan degradasi DBF lebih dari 50%, yaitu isolat GMD1, GMD2, GMD4, GMD8 dan GMD9.

Dibenzofuran is one among toxic xenobiotic compounds. It is recalcitrant and chemically stable which led to its persistence and recalcitrant. Biological approach for remediation of DBF contaminated environment by utilizing DBF degrading bacteria is considered efficient and safe. Efforts to isolate these bacteria have become a continuing task in order to improve bioremediation technology. Genetic diversity of these bacteria has important means to understand DBF degradation mechanisms by bacteria. The aims of this research are to obtain DBF degrading bacterial isolates from mangrove forest soil by non-enrichment (direct plating) and enrichment methods, and to know the degrading capability of these obtained isolates. The ribosomal intergenic spacer analysis (RISA) of obtained isolates exhibits genetic diversity of DBF degrading bacteria that were isolated by direct plating and in situ enrichment methods are higher than those that were isolated by ex situ enrichment. Selection of the isolates yielded 9 strong DBF degrading bacterial isolates that were indicated by the appearance of yellow color in the DBF liquid medium where previously was transparent. All of these 9 isola tes were obtained by ex situ enrichment. Analysis of genetic diversity of bacterial isolates by repeated extragenic palindromic sequence genomic fingerprints PCR (Rep-PCR) exhibits 6 among of the 9 isolates are genetically different. Analysis of Gas Chroma tography exhibits 5 among of the 9 isolates were able to degrade DBF above 50%, that is isolate GMD1, GMD2, GMD4 dan GMD9.

Kata Kunci : dibenzofuran, teknik isolasi, keanekaragaman genetik bakteri, dibenzofuran, isolation techniques, bacterial genetic diversity