Mikrobioma Bakteri pada Usus Ikan Nila Merah (Oreochromis sp.) yang diberi Ulva (Ulva sp.) Terfermentasi dalam Pakan Buatan

Muhamad Razan Haris, Prof. Dr. Ir. Alim Isnansetyo, M.Sc.

2026 | Skripsi | BUDIDAYA PERIKANAN

Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasikan mikrobioma bakteri yang ada dalam usus ikan nila (Oreochromis sp.)  yang diberi pakan buatan dengan campuran Ulva sp. terfermentasi dalam pakan buatan yang dibandingkan dengan pakan komersial. Desain penelitian ini menggunakan rancangan acak lengkap dengan lima perlakuan dan tiga ulangan, yaitu P1 (Pakan komersial) sebagai kontrol positif, (P2 pakan 0% tepung ulva terfermentasi) sebagai kontrol negatif, P3 (pakan 15% tepung ulva terfermentasi), P4 (pakan 30% tepung ulva terfermentasi), dan P5 (pakan 45% tepung ulva terfermentasi). Mikrobiota bakteri diamati dengan melalui proses ekstrak DNA mikrobiom, UV-VIS Nano Spectrophotometer, PCR (Polimerase Chain Reaction), NGS (Next Generation Sequencing). Berat ikan yang digunakan 17 g dengan padat tebar 50 ekor per bak yang dipelihara selama 60 hari dalam bak fiber berdiameter 80 cm dengan tinggi 100 cm. Sistem pemeliharaan yang digunakan adalah Recirculating Aquaculture System (RAS) dengan memanfaatkan filter mekanis dan biologis. Pakan yang diberikan sebanyak 3?ri biomassa ikan dan frekuensi pemberian pakan sebanyak 2 kali sehari. Pengambilan sampel pada DOC 0 dan DOC 60 masa pemeliharaan ikan. Hasil penelitian membuktikan bahwa penggunaan Ulva sp. terfermentasi dalam pakan buatan meningkatkan kelimpahan mikrobiota usus ikan nila. Visualisasi dengan diagram Relative Abundance menunjukkan dominasi dari genus Cetobacterium yang termasuk dalam filum Fusobacteriota. Keberagaman mikrobiota divisualisasikan dengan Krona, phylogenetic tree, serta Heatmap yang didukung dengan analisis alpha diversity, beta diversity, diagram ven menunjukkan meningkatnya keberagaman mikrobiota usus yang sejalan dengan jumlah penambahan tepung Ulva sp. terfermentasi dalam pakan pada setiap perlakuan. Analisis PICRUSt2 yang divisualisasikan melalui plot PCA KO menunjukkan hasil bahwa komunitas mikrobiota bakteri usus ikan nila mengalami pergeseran struktur yang berbeda antar kelompok perlakuan.

This study aimed to identify the bacterial microbiome present in the gut of Nile tilapia (Oreochromis sp.) fed artificial diets supplemented with fermented Ulva sp., compared to fish fed commercial diets. The experimental design employed a completely randomized design with five treatments and three replicates: P1 (commercial feed) as the positive control, P2 (feed with 0?rmented Ulva flour) as the negative control, P3 (feed with 15?rmented Ulva flour), P4 (feed with 30?rmented Ulva flour), and P5 (feed with 45?rmented Ulva flour). The bacterial microbime was assessed by DNA extraction of the microbiome, UV-VIS Nano Spectrophotometer analysis, Polymerase Chain Reaction (PCR), and Next Generation Sequencing (NGS). The average fish weight of 17 g, with a stocking density of 50 individuals per tank. Fish were reared for 60 days in fiber tanks with a diameter of 80 cm and a height of 100 cm. The rearing system applied was a Recirculating Aquaculture System (RAS) equipped with mechanical and biological filters. Feed was administered at 3% of fish biomass, with a feeding frequency of twice daily. Sampling was conducted at day 0 (DOC 0) and day 60 (DOC 60) of the fish rearing period. The results demonstrated that the inclusion of fermented Ulva sp. in artificial diets increased the abundance of gut microbiota in Nile tilapia. Relative Abundance diagrams revealed the dominance of the genus Cetobacterium, belonging to the phylum Fusobacteriota. Microbial diversity was visualized using Krona charts, phylogenetic trees, and heatmaps, supported by alpha diversity, beta diversity, and Venn diagram analyses, which indicated an increase in gut microbiota diversity corresponding to the level of fermented Ulva flour supplementation in the diets. Furthermore, PICRUSt2 analysis, visualized through PCA KO plots, showed that the gut bacterial communities of Nile tilapia underwent structural shifts that differed among treatment groups.

Kata Kunci : Ikan nila, pakan, Ulva sp., mikrobiom, Next Generation Sequensing