Identifikasi Morfologi dan Molekuler Amblyomma sp. Pada Sapi Berdasarkan Gen Cytochrome C Oxidase Subunit I (COI)

Marbela Putri Nirwana, Dr. drh. Ana Sahara, M.Si.

2026 | Skripsi | KEDOKTERAN HEWAN

Caplak keras Amblyomma sp. merupakan ektoparasit yang berpotensi sebagai vektor berbagai patogen sehingga identifikasi spesies secara akurat diperlukan. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi satu caplak keras Amblyomma sp. asal Kebumen, Jawa Tengah, berdasarkan karakter morfologi dan molekuler serta menganalisis hubungan kekerabatannya dengan isolat pembanding dari GenBank. Identifikasi morfologi dilakukan melalui pengamatan bentuk scutum, capitulum, mata, festoon, coxa, dan pola ornamentasi. Identifikasi molekuler dilakukan melalui ekstraksi DNA, amplifikasi gen mitokondria cytochrome c oxidase subunit I (COI) menggunakan primer LCO1490 dan HCO2198 yang menghasilkan amplikon berukuran ±700 bp, elektroforesis, purifikasi, sekuensing DNA, serta analisis filogenetik menggunakan perangkat lunak MEGA 12 dengan metode Kimura 2-Parameter (K2P) dan Neighbour-Joining. Hasil identifikasi morfologi menunjukkan bahwa caplak memiliki karakteristik yang mengarah pada Amblyomma testudinarium. Analisis jarak genetik menunjukkan bahwa isolat asal Kebumen memiliki jarak genetik terdekat dengan isolat Amblyomma testudinarium asal China dari GenBank sebesar 0,057 (5,7%), sedangkan analisis filogenetik menunjukkan bahwa isolat tersebut berada dalam satu klad dengan nilai bootstrap 100. Berdasarkan hasil identifikasi morfologi dan molekuler, isolat caplak asal Kebumen diidentifikasi sebagai Amblyomma testudinarium.

Hard ticks of the genus Amblyomma are ectoparasites with the potential to act as vectors of various pathogens, making accurate species identification essential. This study aimed to identify a single Amblyomma hard tick collected from Kebumen, Central Java, based on morphological and molecular characteristics, and to analyze its phylogenetic relationship with reference isolates available in GenBank. Morphological identification was performed by examining the scutum, capitulum, eyes, festoons, coxae, and ornamentation pattern. Molecular identification involved DNA extraction, amplification of the mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I (COI) gene using the universal primers LCO1490 and HCO2198, producing an amplicon of approximately 700 bp, followed by agarose gel electrophoresis, PCR product purification, DNA sequencing, and phylogenetic analysis using Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) version 12 with the Kimura 2-Parameter (K2P) model and the Neighbor-Joining method. Morphological examination indicated that the tick possessed characteristics consistent with Amblyomma testudinarium. Genetic distance analysis showed that the Kebumen isolate had the closest genetic distance to a reference Amblyomma testudinarium isolate from China available in GenBank, with a genetic distance of 0.057 (5.7%). Phylogenetic analysis further demonstrated that the Kebumen isolate clustered within the same clade as the reference A. testudinarium isolate, with a bootstrap value of 100. Based on both morphological and molecular analyses, the hard tick isolate from Kebumen was identified as Amblyomma testudinarium.

Kata Kunci : Sapi, Amblyomma sp., COI, mtDNA, PCR