Evaluasi Potensi Osmotic Downshock sebagai Metode Disrupsi Sel pada Planococcus sp. JS01

Nobela Dhoiriyah Putri Dinar, Muhammad Saifur Rohman, S.P., M.Si., M.Eng., Ph.D.; Susanti Mugi Lestari, S.P., M.Si.,Ph. D

2026 | Skripsi | MIKROBIOLOGI PERTANIAN

Protein rekombinan yang diproduksi oleh sel inang secara intraseluler memerlukan proses disrupsi sel untuk memperoleh produk target. Metode konvensional seperti sonikator dan French press memiliki beberapa keterbatasan sehingga diperlukan alternatif yang lebih sederhana. Penelitian ini bertujuan mengevaluasi potensi osmotic downshock sebagai metode disrupsi sel pada Planococcus sp. JS01. Planococcus sp. JS01 ditumbuhkan pada medium Luria-Bertani (LB) dengan tambahan 15% NaCl kemudian dilakukan osmotic downshock dengan inkubasi menggunakan akuades steril selama 30 menit. Sel dengan perlakuan osmotic downshock dianalisis viabilitasnya. Hasil berupa supernatan menghasilkan genom. Genom yang didapatkan dianalisis melalui PCR gen 16S rRNA, sekuensing, pembandingan dengan basis data BLAST dan analisis filogenetik. Hasil penelitian menunjukkan 82,6% sel lisis akibat osmotic downshock. Genom berukuran 10 kbp berhasil diisolasi dari supernatan dan memiliki kemiripan sekuens sebesar 99,86?ngan Planococcus sp. JS01.    

Recombinant proteins produced intracellularly by host cells require cell disruption to obtain the target product. Conventional methods such as sonication and the French press have several limitations, necessitating a simpler alternative. This study aims to evaluate the potential of osmotic downshock as a cell disruption method for Planococcus sp. JS01. Planococcus sp. JS01 was grown in Luria-Bertani (LB) medium supplemented with 15% NaCl, followed by osmotic downshock treatment via incubation in sterile distilled water for 30 minutes. The viability of the cells subjected to osmotic downshock was analyzed. The resulting supernatant yielded genomic DNA. The obtained genomes were analyzed via 16S rRNA gene PCR, sequencing, comparison with the BLAST database, and phylogenetic analysis. The results showed that 82.6% of the cells were lysed due to osmotic downshock. A 10-kbp genome was successfully isolated from the supernatant and exhibited 99.86% sequence similarity to Planococcus sp. JS01

Kata Kunci : DNA genom, ektoin, osmotic downshock, Planococcus