Keragaman Genetik Ikan Sidat, Anguilla marmorata Quoy & Gaimard, 1824, dari Sungai Opak, Bantul, D.I.Yogyakarta Berdasarkan Gen Mitokondria 16S rRNA

Iqlima Safitri, Prof. Dra Tuty Arisuryanti, M.S.c Ph D.

2022 | Skripsi | BIOLOGI

Ikan sidat spesies Anguilla marmorata Quoy & Gaimard, 1824, memiliki distribusi yang luas, baik di wilayah subtropis maupun tropis, salah satunya yaitu di Indonesia. Ikan sidat bersifat katadromus. Akan tetapi, penelitian mengenai keragaman genetik A. marmorata berdasarkan gen mitokondria 16S rRNA belum banyak dilakukan di Indonesia. Padahal, penelitian mengenai keragaman genetik A. marmorata perlu dilakukan untuk menyusun dan melengkapi data pustaka gen 16S rRNA ikan sidat, sehingga dapat diimplementasikan untuk konservasi dan pemanfaatan ikan sidat yang berkelanjutan. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan mengetahui keragaman genetik Anguilla marmorata Quoy & Gaimard, 1824 dari Sungai Opak, Bantul, D.I. Yogyakarta berdasarkan gen mitokondria 16S rRNA. Metode yang dilakukan yaitu metode PCR dengan primer universal 16Sar dan 16Sbr. Tahapan  penelitian meliputi ekstraksi DNA, amplifikasi DNA, elektroforesis, purifikasi DNA, dan sekuensing DNA. Hasil sekuensing selanjutnya dianalisis dengan program GeneStudio, BLAST, MESQUITE, MEGA, DnaSP, NETWORK, BEAST, dan GENALEX. Hasil analisis BLAST mengkonfirmasi sampel dari Sungai Opak termasuk A. marmorata dengan jarak genetik 0,156% antar individu. Selain itu, hasil rekonstruksi filogenetik juga menunjukkan ketiga sampel A. marmorata dari Sungai Opak berada dalam satu clade dengan sampel pembanding A. marmorata dari database di GenBank. Analisis intrapopulasi menunjukkan terdapat 3 haplotipe dengan haplotype diversity (Hd) yaitu 0,667 ± 0,314 dan nucleotide diversity (?) yaitu 0,00104 ± 0,00049. Analisis interpopulasi 3 sampel Sungai Opak dengan 17 sampel pembanding menunjukkan Hd dan ? berturut-turut yaitu 0,100  ± 0,088 dan 0,00020 ± 0,00017 dengan 3 haplotipe. Selain itu, hasil haplotype network menunjukkan adanya sharing haplotype pada haplotipe-1 (H1). Hasil penelitian ini diharapkan dapat menambah data keragaman genetik ikan sidat spesies A. marmorata di Indonesia dalam upaya mendukung upaya konservasi ikan sidat dihabitatnya.

The giant mottled eel, Anguilla marmorata Quoy and Gaimard, 1824, is a catadromous species widely distributed across subtropical and tropical regions, including Indonesia. However, studies on its genetic variation using the mitochondrial 16S rRNA gene remain limited in Indonesia, despite being essential for establishing a genetic database to support conservation and sustainable utilization. This study aimed to assess the genetic variation of A. marmorata from the Opak River, Bantul, Special Region of based on the mitochondrial 16S rRNA gene. Three samples were analyzed using a PCR method with universal primers 16Sar and 16Sbr. The procedures used in this study including DNA extraction, DNA amplification, electrophoresis, DNA purification, and DNA sequencing. Sequence data obtained were analyzed using GeneStudio, BLAST, MESQUITE, MEGA, DnaSP, NETWORK, BEAST, and GENALEX. Based on the BLAST analysis all samples confirmed as  A. marmorata with genetic distance 0.156%. Phylogenetic reconstruction analysis placed the three samples within the same clade together with A. marmorata from GenBank database. Intrapopulation analysis revealed three haplotypes with haplotype diversity (Hd) = 0.667 ± 0.314 and nucleotide diversity (?) = 0.00104 ± 0.00049. Interpopulation analysis incorporating 17 comparative samples showed Hd and ? were 0.100 ± 0.088 and 0.00020 ± 0.00017 respectively with three haplotypes. In addition, haplotype network analysis demonstrated sharing haplotype within haplotype-1(H1). These findings contribute to the genetic database of A. marmorata in Indonesia and can be implemented in the fish conservation. 

Kata Kunci : Anguilla marmorata, Keragaman Genetik, Gen 16S