Pengembangan Metode Ekstraksi Double-Stranded RNA (dsRNA) untuk Deteksi Tiga Virus Tanaman dengan RT-PCR

Aisyah Ummuzzahrah, Prof. Dr. Ir. Sedyo Hartono, M.P.

2026 | Skripsi | ILMU HAMA & PENYAKIT TUMBUHAN

Penelitian ini bertujuan mengoptimalkan ekstraksi double-stranded RNA (dsRNA) dari tanaman terinfeksi virus menggunakan konsentrasi etanol 14%, 16%, dan 18?lam buffer STE 1× pada jaringan tanaman tembakau yang terinfeksi Tobamovirus, tomat terinfeksi Cucumber mosaic virus (CMV), dan bawang merah terinfeksi Potyvirus. Tujuan spesifik mencakup identifikasi pengaruh etanol terhadap kemurnian dan hasil dsRNA, penentuan konsentrasi optimal berdasarkan jenis virus dan tanaman, serta evaluasi efektivitas deteksi RT-PCR. Metode penelitian meliputi pengumpulan sampel dari Magelang, Bantul (Yogyakarta), homogenisasi jaringan, adsorpsi dsRNA pada selulosa CF-11, presipitasi etanol, kuantifikasi NanoDrop (A260/A280, A260/A230), RT-PCR dengan primer spesifik (TobamodF/R, CMV-RNA3F/R, MJ1/MJ2), elektroforesis, sekuensing, dan analisis BLAST/MEGA12. Semua ekstraksi RNA berhasil diamplifikasi dengan RT-PCR (880 bp untuk Tobamovirus, 540 bp untuk CMV, dan 327 bp untuk Potyvirus). Hasil kuantifikasi menunjukkan konsentrasi etanol optimal bervariasi, Konsentrasi etanol optimal untuk ekstraksi dsRNA bervariasi, yaitu 16% pada tembakau (4,48 ng/µL), 14% pada tomat (34,55 ng/µL), dan 18% pada bawang merah (9,27 ng/µL). Kemurnian keseluruhan baik, dibandingkan kit komersial.

This study aimed to optimize the extraction of double-stranded RNA (dsRNA) from virus-infected plants using ethanol concentrations of 14%, 16%, and 18% in 1× STE buffer, applied to tobacco infected with Tobamovirus, tomato infected with Cucumber mosaic virus (CMV), and shallot infected with Potyvirus. Specific objectives included identifying the effect of ethanol concentration on dsRNA purity and yield, determining the optimal concentration based on virus and plant type, and evaluating the effectiveness of RT-PCR detection. Research methods involved sample collection from Magelang and Bantul (Yogyakarta), tissue homogenization, dsRNA adsorption onto CF-11 cellulose, ethanol precipitation, NanoDrop quantification (A260/A280, A260/A230), RT-PCR using specific primers (TobamodF/R, CMV-RNA3F/R, MJ1/MJ2), electrophoresis, sequencing, and BLAST/MEGA12 analysis. All RNA extractions were successfully amplified by RT-PCR, yielding bands of 880 bp for Tobamovirus, 540 bp for CMV, and 327 bp for Potyvirus. Quantification results indicated that the optimal ethanol concentration varied by plant matrix: 16% for tobacco (4.48 ng/µL), 14% for tomato (34.55 ng/µL), and 18% for shallot (9.27 ng/µL). Overall purity was satisfactory, compared to commercial kits.

Kata Kunci : ekstraksi dsRNA, konsentrasi etanol, RT-PCR, selulosa, virus tanaman