Identifikasi Spesies secara Molekuler dan Perancangan Primer Spesifik untuk Bakteri Streptomyces sp. strain UGM_P-NI3 Berbasis Gen trpB

Syifa Andiani, Prof. Dr. Ir. Siti Subandiyah, M.Agr.Sc.; Dr. Ir. Arif Wibowo, M.Agr.Sc.

2026 | Skripsi | ILMU HAMA & PENYAKIT TUMBUHAN

Strepromyces merupakan bakteri gram positif yang telah dikenal mampu menghasilkan metabolit sekunder yang mampu menghambat pertumbuhan patogen, seperti bakteri Streptomyces sp. strain UGM_P-NI3. Bakteri tersebut memiliki kemampuan dalam menghambat jamur patogen Ganoderma boninense tetapi bakteri ini belum diketahui identitas spesies dan alat untuk deteksi. Penelitian ini bertujuan mengetahui spesies dari bakteri Streptomyces sp. strain UGM_P-NI3 dan memperoleh primer spesifik berbasis gen trpB untuk deteksi bakteri Streptomyces sp. strain UGM_P-NI3. Penelitian ini menunjukkan hasil bahwa bakteri Streptomyces sp. strain UGM_P-NI3 berhasil teridentifikasi sebagai bakteri Streptomyces collinus sehingga penamaan bakteri tersebut menjadi Streptomyces collinus strain UGM_P-NI3 berdasarkan hasil analisis sekuensing gen trpB. Primer spesifik yang telah dirancang berbasis gen trpB berupa primer StrepPNI3-F (5’ CAAGACCCGTGTCATCG 3’) dan StrepPNI3-R (5’ TGTCGCGCAGGTAGGAG  3’) juga mampu mendeteksi bakteri Streptomyces collinus strain UGM_P-NI3 dengan panjang amplikon sebesar 650 bp pada suhu annealing 60°C.

Streptomyces is a gram-positive bacterium known to produce secondary metabolites that inhibit the growth of pathogens, such as Streptomyces sp. strain UGM_P-NI3. This bacterium has the ability to inhibit the pathogenic fungus Ganoderma boninense, but its species identity and detection tools are not yet known. This study aims to determine the species of Streptomyces sp. strain UGM_P-NI3 and obtain trpB gene-based specific primers for the detection of Streptomyces sp. strain UGM_P-NI3. This study showed that Streptomyces sp. strain UGM_P-NI3 was successfully identified as Streptomyces collinus, thus the bacterium was named Streptomyces collinus strain UGM_P-NI3 based on the results of trpB gene sequencing analysis. The specific primers designed based on the trpB gene were StrepPNI3-F (5' CAAGACCCGTGTCATCG 3') and StrepPNI3-R (5' TGTCGCGCAGGTAGGAG 3') were also able to detect Streptomyces collinus strain UGM_P-NI3 with an amplicon length of 650 bp at an annealing temperature of 60°C.

Kata Kunci : Streptomyces sp. strain UGM_P-NI3, identifikasi molekuler, gen trpB, primer spesifik