Identifikasi Single Nucleotide Polymorphism (SNP) Gen Growth Differentiation Factor-8 (GDF8) Sebagai Marker Pertumbuhan Sapi Bali Dan Sapi Persilangannya

Riska Diani, Prof. Ir. Tety Hartatik, S.Pt., Ph.D., IPM

2026 | Skripsi | ILMU DAN INDUSTRI PETERNAKAN

Gen GDF8 diketahui memiliki peran penting dalam mengatur dan mengendalikan proses pertumbuhan, terutama dalam hal perkembangan otot dan jaringan tubuh. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi SNP gen GDF8 pada sapi Bali dan sapi persilangannya, mengidentifikasi SNP yang dapat dijadikan kandidat marker genetik pertumbuhan dan analisis enzim restriksi. Materi yang digunakan dalam penelitian ini adalah 4 sampel DNA sapi Bali murni, 4 sampel sapi LimosinxBali, dan 4 sampel sapi SimentalxBali. Metode yang dilakukan yaitu amplifikasi DNA menggunakan metode PCR, sekuensing, identifikasi SNP, dan analisis enzim restriksi. Berdasarkan hasil penelitian ditemukan 4 SNP pada sapi Bali dan sapi persilangannya yang terdiri atas tiga SNP pada daerah exon 1, yaitu g.321 C/A, g.408 G/A, dan g.423 C/A, serta satu SNP pada daerah intron 1 yaitu g.757 G/A. Pada 4 SNP yang teridentifikasi hanya g.423 C/A, yang mengalami perubahan asam amino dari Fenilalanin menjadi Leusin. Berdasarkan hasil analisis, SNP g.321 C/A dan g.408 G/A pada exon 1 tidak dapat dianalisis menggunakan metode PCR-RFLP karena tidak membentuk situs pemotongan enzim restriksi, sedangkan SNP g.757 G/A pada intron 1 menghasilkan pola fragmen yang kompleks sehingga tidak direkomendasikan untuk PCR-RFLP. Sebaliknya, SNP g.423 C/A pada exon 1 membentuk situs pengenalan enzim TaqI dan berpotensi digunakan sebagai marker genetik gen GDF8 pada sapi Bali dan persilangannya. Penelitian ini diharapkan dapat menjadi referensi marker gen dan rekomendasi enzim restriksi untuk genotyping menggunakan metode PCR-RFLP, serta membantu dalam proses seleksi ternak berdasarkan sifat pertumbuhannya.

The GDF8 gene plays a crucial role in regulating growth, particularly in muscle and body tissue development. This study aimed to identify single nucleotide polymorphisms (SNPs) of the GDF8 gene in Bali cattle and crossbreed Bali cattle, determine potential SNPs as candidate genetic markers for growth traits, and evaluate suitable restriction enzymes for PCR-RFLP analysis. A total of 12 DNA samples were analyzed, consisting of 4 pure Bali cattle, 4 Limosin×Bali, and 4 Simmental×Bali. The study employed PCR amplification, DNA sequencing, SNP identification, and restriction enzyme. The results revealed 4 SNPs in Bali cattle and crossbreed Bali cattle, including three SNPs located in exon 1 (g.321 C/A, g.408 G/A, and g.423 C/A) and one SNP in intron 1 (g.757 G/A). Among these variants, only SNP g.423 C/A caused an amino acid substitution from phenylalanine to leucine. SNPs g.321 C/A and g.408 G/A in exon 1 could not be analyzed using the PCR-RFLP method due to the absence of restriction enzyme recognition sites. Meanwhile, SNP g.757 G/A in intron 1 produced a complex fragment pattern, making it unsuitable for PCR-RFLP analysis. In contrast, SNP g.423 C/A in exon 1 formed a recognition site for the TaqI restriction enzyme, indicating its potential as a genetic marker for the GDF8 gene in Bali cattle and crossbreed Bali cattle. This study is expected to provide a reference for genetic marker selection and restriction enzyme recommendations in PCR-RFLP-based genotyping to support livestock selection based on growth traits.

Kata Kunci : Sapi Bali, GDF8, Single Nucleotide Polymorphism (SNP), Enzim Restriksi, sapi persilangan