Keragaman Genetik Gen rbcL Pada Tebu Saccharum ‘Bululawang’ Berbasis Complete Chloroplast Genome

Aliyah Syahidah, Ganies Riza Aristya, S.Si., M.Sc.,Ph.D.

2026 | Skripsi | BIOLOGI

Kebutuhan terhadap tebu semakin tinggi seiring dengan meningkatnya permintaan gula nasional. Peningkatan tersebut belum diimbangi dengan produktivitas tebu nasional yang cenderung menurun dan masih tertinggal dibandingkan negara-negara produsen lainnya. Kondisi tersebut menimbulkan urgensi terhadap pengembangan kultivar tebu unggul. Tebu ‘Bululawang’ merupakan salah satu kultivar dominan di Indonesia dengan sifat agronomis yang menguntungkan seperti rendemen gula yang tinggi dan adaptabilitas yang luas. Pendekatan molekuler, termasuk sekuensing dan analisis gen fungsional seperti rbcL, menjadi penting untuk memahami perannya dalam proses fotosintesis. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi keragaman genetik gen rbcL, menganalisis pola bias penggunaan kodon dan mengidentifikasi marka molekuler potensial dalam genom kloroplas tebu ‘Bululawang’. Metode yang digunakan meliputi koleksi sampel, isolasi high molecular weight DNA, sekuensing long-read, perakitan dan anotasi genom, klasifikasi gen, dan analisis data. Analisis data yang dilakukan mencakup analisis tingkat keragaman genetik pada gen rbcL, analisis bias penggunaan kodon, serta identifikasi marka dan polimorfisme sekuens dalam genom kloroplas tebu. Hasil tingkat keragaman genetik pada gen rbcL menunjukkan bahwa gen rbcL bersifat terkonservasi (? < 0>trnR-UCU-trnfM-CAU dan petA-psbJ sebagai marka potensial yang efektif untuk studi evolusioner.

The demand for sugarcane is increasing in line with rising national sugar demand. This increase has not been matched by national sugarcane productivity, which tends to decline and still falls short of other producing countries. This situation has created an urgent need for the development of superior sugarcane cultivars. Sugarcane ‘Bululawang’ is one of the dominant cultivars in Indonesia with favorable agronomic traits such as high sugar yield and broad adaptability. Molecular approaches, including sequencing and functional gene analysis such as rbcL, are important for understanding its role in photosynthesis. This study aims to detect genetic diversity in the rbcL gene, analyze codon usage bias patterns, and identify potential molecular markers in the chloroplast genome of sugarcane ‘Bululawang’. The methods used included sample collection, isolation of high molecular weight DNA, long-read sequencing, genome assembly and annotation, gene classification, and data analysis. The data analysis included analysis of the level of genetic diversity in the rbcL gene, analysis of codon usage bias, and identification of markers and sequence polymorphisms in the sugarcane chloroplast genome. The results of genetic diversity at the rbcL gene showed that the rbcL gene is conserved (? < 0>trnR-UCU-trnfM-CAU and petA-psbJ as effective potential markers for evolutionary studies.

Kata Kunci : Bululawang, genom kloroplas, keragaman genetik, rbcL, tebu