Identifikasi miRNA yang Berperan dalam Regulasi CDH1 pada Epithelial-Mesenchymal Transition di Melanoma

Isabella Sugiarto, dr. Paranita Ferronika Ph.D., Sp.PA, Subsp.KA(K); Prof. dr. Sofia Mubarika Harjana, M.Med.Sc., Ph.D.; dr. Sumadi Lukman Anwar, M.Sc., Ph.D., Sp.B (K)Onk

2026 | Skripsi | PENDIDIKAN DOKTER

Latar Belakang: Melanoma merupakan jenis kanker kulit yang memiliki angka kematian paling tinggi, utamanya disebabkan oleh proses metastasis. Metastasis sering diawali oleh perubahan sel kanker dengan tipe fenotip epitelial menjadi mesenkimal (EMT) yang memudahkan invasi dan penyebaran sel tumor.  Mekanisme yang terjadi yaitu hilangnya protein adhesi antarsel E-cadherin akibat menurunnya ekspresi CDH1. Regulasi CDH1 melibatkan jaringan interaksi faktor transkripsi EMT dan miRNA. Namun, masih terdapat sangat banyak miRNA yang belum diteliti hubungannya dengan CDH1 yang spesifik pada melanoma.

Tujuan: Penelitian ini bertujuan untuk mengeksplorasi miRNA yang berhubungan dengan regulasi CDH1 untuk menemukan biomarker baru EMT di melanoma.

Metode: Penelitian ini merupakan penelitian observasional analitik kajian potong lintang dengan menggunakan data sekunder dari program The Cancer Genome Atlas proyek TCGA-SKCM berupa ekspresi mRNA CDH1 dan ekspresi miRNA. Sebanyak 366 kasus melanoma dianalisis, terdiri dari 73 tumor primer dan 293 metastasis. Pengolahan data awal dan analisis dilakukan dengan aplikasi Python dan RStudio. Analisis data untuk menemukan 25 miRNA dengan perbedaan ekspresi yang signifikan antara kelompok CDH1 tinggi dengan CDH1 rendah. Analisis pengayaan dilakukan untuk target mRNA (miRNet) dan jalur persinyalan (DAVID).

Hasil: Analisis tumor primer menghasilkan 14 miRNA signifikan (FDR<0 xss=removed xss=removed xss=removed xss=removed>

Background: Melanoma is the most lethal type of skin cancer, primarily due to metastasis.  Metastasis often begins with the transition of cancer cells from epithelial  to mesenchymal phenotype (EMT) which facilitates tumor invasion and distant spread. EMT is marked by loss of E-cadherin as intercellular adhesion protein due to decreased CDH1 expression. CDH1 regulation involes a network of interactions between EMT transcription factors and miRNAs. However, a lot of miRNAs have not been analyzed for their connection to CDH1 expression in melanoma.

Objective: This study aims to explore miRNAs associated with CDH1 regulation to discover new biomarkers of EMT in melanoma. 

Methods: This is an observational-analytical cross sectional study using secondary data from TCGA-SKCM project in The Cancer Genome Atlas. A total of 366 melanoma cases were analyzed for their CDH1 mRNA expression and miRNA expression, consisting of 73 primary tumors and 293 metastatic tumors. Initial data processing and analysis were performed in Python and RStudio. Data analysis resulted in 25 differentially-expressed miRNAs between high CDH1 groups and low CDH1 groups.Enrichment analysis was performed to find the mRNA targets (miRNet) and signalling pathways (DAVID).

Results: There are 14 significant differentially-expressed miRNAs from the primary tumor analysis (FDR < 0 xss=removed xss=removed xss=removed xss=removed>

Kata Kunci : miRNA, CDH1, EMT, melanoma