Pengembangan Teknik Preservasi dan Ekstraksi Sampel DNA Virus Tumbuhan Menggunakan Kertas Saring Selulosa dan Glass Microfiber

Ananda Restu Putro, Prof. Dr. Ir. Sedyo Hartono, M.P. ; Dr. Adyatma Irawan Santosa, S.P., M.Sc.

2026 | Tesis | S2 Fitopatologi

Pengambilan sampel tanaman sakit dari lapangan, bisa menjumpai masalah degradasi sampel akibat perjalanan jauh. Kertas saring selulosa dan glass microfiber diketahui memiliki kemampuan dalam menyimpan sampel pada suhu ruang serta kemampuan mengikat DNA untuk media purifikasi. Penelitian bertujuan mengevaluasi kertas saring untuk menyimpan sampel dan sebagai matriks spin column guna deteksi virus tumbuhan bergenom DNA. Sampel utama yang digunakan adalah kacang panjang terinfeksi begomovirus dan canna lily terinfeksi canna yellow mottle virus (CaYMV; Genus: Badnavirus). Sampel diletakkan kertas saring selulosa dan glass microfiber serta disimpan pada suhu ruang (± 24°C) selama 3, 7, 15, dan 30 hari, diekstrak DNA totalnya dengan metode kit (Plant Genomic DNA mini kit, Geneaid) dan CTAB kemudian dideteksi dengan PCR. Hasil kemurnian dan konsentrasi juga di cek dan dibandingkan. Kertas saring selulosa dan glass microfiber juga dijadikan matriks spin column pada ekstraksi DNA. Hasil penelitian menunjukan dapat dideteksi begomovirus pada sampel kacang panjang hingga 30 hari, baik pada 2 jenis kertas saring dan 2 metode ekstraksi DNA. Sampel canna lily hanya pada kertas saring selulosa, metode ekstraksi kit yang bisa terdeteksi CaYMV hingga 30 hari. Metode ekstraksi kit memberikan kemurnian konsisten, sedangkan metode CTAB konsentrasi DNA yang tinggi. Hasil spin column dari kertas saring selulosa dan glass microfiber dapat bekerja dengan baik mulai 1 hingga 9 lapis. Hasil konsentrasi terbaik dan pita band tebal ditunjukan spin column 9 lapis. Hasil DNA spin column dengan buffer kit dan CTAB dapat digunakan sebagai template DNA untuk deteksi infeksi begomovirus dan CaYMV.

Sampling diseased plants from the field may face sample degradation due to long-distance transport. Cellulose filter paper and glass microfiber are known to store samples at room temperature and bind DNA for purification. This study aimed to evaluate filter paper for sample storage and as a spin column matrix for detecting plant DNA viruses. The main samples were yardlong bean infected with begomovirus and canna lily infected with canna yellow mottle virus (CaYMV; Genus: Badnavirus). Samples were dried spotted on cellulose filter paper and glass microfiber and stored at room temperature (±24°C) for 3, 7, 15, and 30 days. Total DNA was extracted using a commercial kit (Plant Genomic DNA Mini Kit, Geneaid) and the CTAB method, followed by PCR detection. DNA purity and concentration were measured and compared. Both filter papers were also used as spin column matrices for DNA extraction. Begomovirus was detectable in yardlong bean samples up to 30 days on both filter types and with both extraction methods. CaYMV in canna lily was detectable up to 30 days only on cellulose filter paper using the kit method. The kit method gave consistent DNA purity, while CTAB produced higher DNA concentrations. Spin columns from both materials functioned well from 1 to 9 layers, with the best concentration and thickest bands obtained using 9 layers. DNA from spin columns using both kit buffer and CTAB could be used as templates for begomovirus and CaYMV detection. 

Kata Kunci : Degradasi, Stabilitas, Metode, Pemurnian, Materi Genetik