Kajian Pola Seleksi dan Sistem Produksi Rumpun serta Galur Sapi Peranakan Ongole di Indonesia Berdasarkan Data Genom

Pita Sudrajad, Prof. Ir. Dyah Maharani, S.Pt., M.P., Ph.D., IPM.; Prof. Dr. Ir. Sigit Bintara, M.Si., IPU., ASEAN Eng.; Prof. Ir. Tri Satya Mastuti Widi, S.Pt., M.P., M.Sc., Ph.D., IPM., ASEAN Eng.

2026 | Disertasi | S3 Ilmu Peternakan

Sapi Ongole (Bos indicus) yang diimpor ke Indonesia telah berkembang menjadi rumpun dan galur dengan karakter spesifik, antara lain Sumba Ongole (SO), Peranakan Ongole (PO), PO Kebumen, dan Pogasi Agrinak. Optimalisasi potensi genetik dan produksi sapi-sapi tersebut memerlukan pemahaman menyeluruh mengenai keragaman genetik, struktur populasi, pola seleksi, dan sistem produksinya. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi keragaman genetik, struktur populasi, pola seleksi berbasis genom, serta sistem produksi pada sapi SO, PO Kebumen, dan Pogasi Agrinak. Analisis keragaman genetik dan struktur populasi berdasarkan parameter heterozigositas, koefisien inbreeding, jarak genetik, klaster populasi, komposisi bangsa, estimasi tetua, dan ukuran populasi efektif menggunakan 12 bangsa sapi, sedangkan analisis filogeni menggunakan 13 bangsa sapi. Analisis pola seleksi berbasis integrated Haplotype Score menggunakan 3 bangsa sapi. Analisis sistem produksi melalui survei, diskusi kelompok, dan observasi pada 2 bangsa sapi. Hasil penelitian menunjukkan ketiga populasi memiliki tingkat keragaman genetik memadai tanpa inbreeding. Jarak genetik terdekat antara SO dan Pogasi Agrinak, sedangkan PO Kebumen menunjukkan kemurnian genetik dan kedekatan genetik dengan Ongole. Ditemukan adanya introgresi genetik Bos javanicus pada Pogasi Agrinak dan Bos taurus pada PO serta hibridisasi pada PO. Ukuran populasi efektif mencerminkan riwayat populasi yang berbeda. Pola seleksi sapi SO pada gen EXTL1, LIMCH1, GRXCR1, ATP8A1, APBB2, MCC, MAP3K1, KIF13A; PO Kebumen pada gen GRM8, LRCH1, ARFGEF1, CSPP1, GHR; Pogasi Agrinak pada gen MYO1A, LRP1, RIMS1, SLC5A1, OSM, OSBP2, PDPR, AARS1, KCNJ16, MAP3K1, MIER3, SETD9, SLC24A4, KIF13A. Pola seleksi tersebut terkait adaptasi, pertumbuhan, efisiensi pakan, imunitas, dan reproduksi selaras dengan sistem produksi setiap populasi. Diperlukan strategi pengembangan spesifik pada setiap populasi untuk menjaga keragaman genetik dan mengoptimalkan produksi.

Ongole cattle (Bos indicus), previously imported to Indonesia, have evolved into distinct breeds and lines with specific characteristics, including Sumba Ongole (SO), Peranakan Ongole (PO), PO Kebumen, and Pogasi Agrinak. Optimization of the genetic potential and production of these cattle requires comprehensive understanding of genetic diversity, population structure, selection signatures, and production systems. This study aimed to identify genetic diversity, population structure, selection signatures, and production systems in SO, PO Kebumen, and Pogasi Agrinak cattle. Genetic diversity and population structure analyses were based on following parameters: heterozygosity, inbreeding coefficients, genetic distance, clustering, admixture, phylogeny, ancestral estimation, and effective population size. Selection signatures analysis was performed using integrated Haplotype Score. Production system analysis was conducted through surveys, focus group discussions, and observations. Results showed that all three populations possessed adequate genetic diversity without inbreeding. The closest genetic distance was observed between SO and Pogasi Agrinak, while PO Kebumen exhibited genetic purity and close genetic affinity with Ongole. Genetic introgressions were detected, i.e Bos javanicus to Pogasi Agrinak and Bos taurus to PO, along with hybridization in PO. Effective population sizes reflected distinct population histories. Selection signatures were detected in several genes, i.e. SO in EXTL1, LIMCH1, GRXCR1, ATP8A1, APBB2, MCC, MAP3K1, KIF13A; PO Kebumen in GRM8, LRCH1, ARFGEF1, CSPP1, GHR; Pogasi Agrinak in MYO1A, LRP1, RIMS1, SLC5A1, OSM, OSBP2, PDPR, AARS1, KCNJ16, MAP3K1, MIER3, SETD9, SLC24A4, KIF13A. These genomic selection signatures were associated with adaptation, growth, feed efficiency, immunity, and reproduction, corresponding to the production system of each population. Tailored development strategies are required to sustain genetic diversity and optimize production.

Kata Kunci : Sumba Ongole, PO Kebumen, Pogasi Agrinak, genetic diversity, population structure, signatures of selection, production system, genomic data