Deteksi Spesies Invasif Berbasis Analisis Environmental DNA (eDNA) di Sungai Akagawa, Prefektur Yamagata, Jepang

Shafaya Nurunissa Hanandita, Dr. Ir. Eko Setyobudi, S.Pi., M.Si.

2025 | Skripsi | MANAJ. SUMBER DAYA PERIKANAN

Spesies invasif memberikan ancaman terhadap kelestarian spesies lokal sehingga mendorong perlunya metode pemantauan yang efisien, non-invasif, memberikan informasi ekologi perilaku dan persebaran populasi di ekosistem. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi keberadaan dan distribusi ikan invasif trout cokelat (Salmo trutta, Linnaeus 1758) dan ikan lokal salmon masu (Oncorhynchus masou, Brevoort 1856) di Sungai Akagawa, Jepang dengan menggunakan pendekatan environmental DNA (eDNA). Pengambilan sampel air dilakukan di dua stasiun (AK1 dan AK2) yaitu di Mado Groundsill dan Jembatan Mikawabashi pada bulan September 2024-Maret 2025. Sampel air difiltrasi dengan glass fiber filters dan dianalisis menggunakan qPCR dengan primer spesifik. Data yang diperoleh kemudian dianalisis menggunakan uji statistik (Shapiro-Wilk, F-test, T-test, Mann-Whitney U) serta model GLMM untuk mengevaluasi variasi musiman. Hasil sampel eDNA menunjukkan bahwa O. masou dapat terdeteksi tinggi. Sebaliknya, S. trutta dapat terdeteksi tetapi rendah, yang menunjukkan bahwa metode eDNA efektif untuk mendeteksi baik spesies lokal maupun invasif di Sungai Akagawa. Perbandingan antar lokasi tidak menunjukkan perbedaan signifikan sehingga distribusi kedua spesies relatif merata di kedua lokasi. Analisis hubungan dengan parameter kualitas air mengindikasikan bahwa temperatur dan parameter lain (EC, TN, dan DO) berpotensi memengaruhi stabilitas eDNA, meskipun tidak signifikan. Variasi musiman O. masou menunjukkan pola migrasi yang cukup jelas, sedangkan S. trutta muncul secara acak yang artinya spesies ini masih berada pada tahap awal invasi di Sungai Akagawa. Penelitian ini diharapkan dapat menjadi dasar bagi upaya konservasi ikan salmon masu dan pencegahan invasi ikan trout cokelat yang memerlukan pemantauan eDNA dan implementasi kebijakan secara berkelanjutan.

The threat of invasive species to the persistence of local species highlights the need for efficient, non-invasive, capable of providing the species behavioural ecology and population distribution. This study aimed to detect the presence and distribution of the invasive brown trout (Salmo trutta, Linnaeus 1758) and the native masu salmon (Oncorhynchus masou, Brevoort 1856) in the Akagawa River, Japan, using environmental DNA (eDNA) approaches. Water samples were collected in two stations (AK1 and AK2) at Mado Groundsill and Mikawabashi Bridge between September 2024-March 2025. Samples were filtered using glass fiber filters and analyzed with qPCR employing species-specific primers. The resulting data were examined using statistical tests (Shapiro–Wilk, F-test, t-test, Mann–Whitney U) as well as GLMM to evaluate seasonal variation. Results from eDNA samples showed that O. masou was highly detected, while S. trutta had a lower detection. This confirms that eDNA methods are effective for detecting both native and invasive species in the Akagawa River. Comparisons between sites revealed no significant differences, suggesting that the two species are similarly distributed. Correlations with water quality parameters indicated that temperature, and other factors (EC, TN, and DO) may influence eDNA stability, although not statistically significant. O. masou displayed a clear seasonal pattern, while detections of S. trutta were sporadic, suggesting a possible early-stage invasion (adaptation) in the Akagawa River. This study provides an important basis for the conservation of masu salmon and prevention of brown trout invasion that requires continuous eDNA monitoring and policy implementation.

Kata Kunci : environmental DNA, Oncorhynchus masou, Salmo trutta, spesies invasif, Sungai Akagawa