Produksi Untai Ganda RNA Berbasis Mikroba Untuk Menekan Perkembangan Ganoderma Boninense Penyebab Penyakit Busuk Pangkal Batang Kelapa Sawit

Naura Paramitha Cindy Ardyah, Prof. Dr. Ir. Siti Subandiyah, M.Agr.Sc.; Dr. Ir. Arif Wibowo, M. Agr. Sc.

2025 | Tesis | S2 Bioteknologi

Kelapa sawit (Elaeis guineensis Jacq.) adalah sentral komoditas pertanian di Indonesia dan kendala utama produktivitas kelapa sawit adalah penyakit busuk pangkal batang (BPB) yang disebabkan oleh Ganoderma boninense. Aplikasi RNAi menjadi alternatif pengganti fungisida kimia sebagai agen pengendalian berbasis bioteknologi dengan teknik pembungkaman gen (gene silencing). Gen target silencing adalah LSRP (Long Subunit Ribosomal Protein) yang merupakan housekeeping gene. Penelitian ini mengembangkan teknologi RNA interference (RNAi) dengan memanfaatkan molekul untai ganda RNA yang ditargetkan pada gen LSRP pada jamur Ganoderma boninense dengan menggunakan sistem bakteri E. coli BL21(DE3). Gen LSRP disisipkan ke dalam plasmid pET-28a(+) dan ditransformasikan ke E. coli BL21(DE3) untuk produksi dsRNA, yang diinduksi menggunakan 0,5 mM IPTG dan diekstraksi menggunakan PCI menghasilkan konsentrasi 2098,854 ng/µl. Uji in-vitro terhadap isolat G. boninense B93 menunjukkan bahwa perlakuan dsRNA LSRP dengan konsentrasi 250 ng/µl paling efektif, mampu menghambat rata-rata 29% pertumbuhan koloni pada minggu ke-2 dan menghambat rata-rata 57?rat koloni pada akhir perlakuan. Perlakuan ini juga menghasilkan perbedaan signifikan dalam berat kering dan diameter koloni dibandingkan kontrol.

Oil palm (Elaeis guineensis Jacq.) is a key agricultural commodity in Indonesia, and the primary constraint to oil palm productivity is stem base rot disease (BPB) caused by Ganoderma boninense. RNAi application is an alternative to chemical fungicides as a biotechnology-based control agent with a gene silencing. The silencing target gene is LSRP (Long Subunit Ribosomal Protein), a housekeeping gene. This study developed RNA interference (RNAi) technology by utilizing double-strand RNA (dsRNA) molecules targeted at the LSRP gene in the Ganoderma boninense fungus using the E. coli BL21(DE3) bacterial system. The LSRP gene was inserted into the pET-28a(+) plasmid and transformed into E. coli BL21(DE3) for dsRNA production was induced using 0.5 mM IPTG and extracted using PCI to produce a concentration of 2098.854 ng/µl. In-vitro tests on G. boninense B93 isolates were conducted, and the LSRP dsRNA treatment at a concentration of 250 ng/µl was found to be most effective, with an average of 29% colony growth inhibited at week 2 and an average of 57% colony weight inhibited at the end of the treatment. This treatment also resulted in significant differences in dry weight and colony diameter compared to the control.

Kata Kunci : Ganoderma boninense, RNAi, dsRNA, LSRP, Fungicide