Deteksi Anguilla spp. di Berbagai Sungai Pulau Jawa Menggunakan Environmental DNA

Andryan, Dr. Dwi Sendi Priyono, S.Si., M.Si.

2025 | Skripsi | BIOLOGI

Populasi Anguilla spp. di wilayah beriklim temperate dilaporkan mengalami penurunan dalam empat dekade terakhir akibat penyempitan oleh sedimentasi, hambatan arus dalam bentuk bendungan, hingga penurunan kualitas lingkungan. Dinamika perdagangan dan permintaan ikan sidat yang terjadi di kawasan tersebut
menyebabkan Indonesia menjadi salah satu negara eksportir tropical eels di Asia Tenggara. Setidaknya, terdapat tujuh spesies atau subspesies ikan sidat yang
menempati perairan Indonesia, dengan tiga di antaranya berada di pulau Jawa. Studi kelimpahan fase hidup kelompok spesies ini masih menggunakan metode
konvensional yang bersifat invasif. Penggunaan environmental DNA (eDNA) menjadi salah satu metode yang diharapkan dapat mengurangi pengaruh tersebut
dan telah berhasil dilakukan di beberapa negara seperti Jepang. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi Anguilla spp. di beberapa sungai pulau
Jawa menggunakan eDNA. Pendekatan single-species detection belum menunjukkan hasil yang optimal. Sebaliknya, analisis metabarcoding eDNA yang
diolah dengan pipeline MetONTIIME (Matoute et al., 2024) dengan beberapa modifikasi berhasil menemukan satu reads dengan tingkat kemiripan mencapai >
97% yang teridentifikasi sebagai Anguilla bicolor. Pendekatan metabarcoding lebih diunggulkan untuk mendeteksi kelompok spesies ini dibandingkan dengan
single-species detection.

The population of Anguilla spp. in temperate regions has been reported to decline over the past four decades due to habitat constriction from sedimentation, barriers
such as dams, and environmental degradation. The dynamics of trade and demand for eels in these regions have positioned Indonesia as one of the leading exporters
of tropical eels in Southeast Asia. At least seven species or subspecies of eels inhabit Indonesian waters, with three of them found in Java. Studies on the abundance of these species life stages still rely on conventional, invasive methods. The use of environmental DNA (eDNA) is expected to mitigate such impacts and has been successfully implemented in countries like Japan. Therefore, this study aims to detect Anguilla spp. in several rivers across Java using eDNA. While single-species detection has not yielded optimal results, metabarcoding analysis of eDNA processed with the MetONTIIME pipeline (Matoute et al., 2024) with some modifications successfully identified one read with >97% similarity to Anguilla bicolor. Metabarcoding proves to be a more effective approach for detecting these species compared to single-species detection.

Kata Kunci : DNA, metabarcoding, sidat, single-species detection, tropical eels