DNA Barcoding dan Skrining Metabolit Sekunder Makroalga Laut Sargassum ilicifolium (Turner) C.Agardh dan Sargassum polycystum C.Agardh dari Pantai Porok Gunungkidul Yogyakarta

Nur Fitriana Putri Kusumawati, Abdul Razaq Chasani, S.Si., M.Si., Ph.D.

2025 | Skripsi | BIOLOGI

Makroalga laut memiliki keanekaragaman yang sangat tinggi terutama di wilayah Indonesia, namun masih banyak spesies yang belum teridentifikasi secara akurat, terutama pada genus Sargassum karena memiliki karakteristik morfologi yang sangat mirip antar spesies. Oleh karena itu, identifikasi makroalga yang lebih akurat dapat dilakukan melalui identifikasi molekuler dan fitokimia untuk mengembangkan potensi aktivitas biologis pada makroalga laut. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi spesies makroalga laut secara molekuler melalui metode DNA barcoding berdasarkan gen rbcL, menganalisis hubungan kekerabatan antar spesies makroalga laut melalui analisis filogenetik, serta skrining metabolit sekunder pada spesies makroalga laut. Pengambilan sampel makroalga laut dilakukan dengan metode purposive random sampling di Pantai Porok, Gunungkidul, Yogyakarta dan diidentifikasi secara molekuler melalui metode DNA barcoding berdasarkan gen rbcL, analisis hubungan kekerabatan antar spesies melalui analisis filogenetik menggunakan software Genestudio™ dan MEGA12, serta skrining metabolit sekunder yang dilakukan menggunakan metode Gas Chromatography-Mass Spectrometry (GC-MS). Hasil penelitian identifikasi molekuler menggunakan metode DNA barcoding berdasarkan gen rbcL, sampel PR-BS2 teridentifikasi sebagai Sargassum ilicifolium (Turner) C.Agardh dan PR-BS4 teridentifikasi sebagai Sargassum polycystum C.Agardh. Hasil analisis filogenetik menunjukkan bahwa sampel PR-BS2 berkerabat dekat dan membentuk satu klade dengan S. ilicifolium (Turner) C.Agardh dan sampel PR-BS4 berkerabat dekat dengan S. polycystum C.Agardh. Hasil skrining metabolit sekunder pada S. ilicifolium (Turner) C.Agardh dan S. polycystum C.Agardh menunjukkan adanya aktivitas biologis yang berpotensi dimanfaatkan sebagai antijamur, antioksidan, antiinflamasi, dan antibakteri. 

Marine macroalgae exhibit high species diversity, particularly in the Indonesian region. However, many species remain inaccurately identified, especially those from the genus Sargassum, due to high morphological similarity among species. To improve identification accuracy and to explore their biological potential, molecular and phytochemical approaches can be applied. This research aims to identify marine macroalgae species, especially the genus Sargassum using DNA barcoding based on the rbcL gene, analyze the phylogenetic relationships among the species, and conduct secondary metabolite profiling. Macroalgae samples were collected from Porok Beach, Gunungkidul, Special Region of Yogyakarta using purposive random sampling. Molecular identification was performed using the DNA barcoding technique targeting the rbcL gene. Phylogenetic relationships were analyzed using Genestudio™ and MEGA12 software, while secondary metabolites profiling was performed using Gas Chromatography-Mass Spectrometry (GC-MS). The molecular identification results showed that the sample PR-BS2 was identified as S. ilicifolium (Turner) C.Agardh, while sample PR-BS4 was identified as S. polycystum C.Agardh. Phylogenetic analysis confirmed that PR-BS2 clustered closely with S. ilicifolium (Turner) C.Agardh and PR-BS4 with S. polycystum C.Agardh, forming distinct clades within the Sargassum genus. GC-MS analysis revealed that both S. ilicifolium (Turner) C.Agardh and S. polycystum C.Agardh contain various secondary metabolites with potential biological activities, including antifungal, antioxidant, anti-inflammatory, and antibacterial properties.

Kata Kunci : Filogenetik, fitokimia, GC-MS, molekuler, rbcL