Diet Analyses of The Halmahera Walking Shark, Hemiscyllium halmahera, Allen, Erdmann, & Dudgeon, 2013, through Faecal DNA (fDNA) Metabarcoding

Calvin Muliawan, Dr. Rury Eprilurahman, S.Si., M.Sc.

2025 | Skripsi | BIOLOGI

Hiu Berjalan Halmahera (Hemiscyllium halmahera) adalah spesies hiu mikro-endemik Indonesia yang dicirikan oleh perilaku berjalannya di dasar laut. Populasinya mengalami penurunan akibat degradasi habitat dan tekanan penangkapan ikan tradisional, sehingga memperoleh status perlindungan penuh dari Kementerian Kelautan dan Perikanan Indonesia. Analisis diet penting untuk mengidentifikasi spesies mangsa kunci dan mendukung upaya konservasi. Penelitian ini mengkaji komposisi diet 16 individu H. halmahera secara non-invasif melalui analisis metabarcoding DNA dari swab kloaka. Hasilnya konsisten dengan studi sebelumnya tetapi dengan resolusi taksonomi yang lebih tinggi, mengungkapkan diet didominasi oleh copepoda, ikan bersirip pari, gastropoda, krustasea, dan teripang, serta sedikit konsumsi ubur-ubur lonceng, cacing panah, dan karang keras. Variasi komposisi diet berkorelasi dengan lokasi sampling, mencerminkan konektivitas habitat dan jejaring trofik yang kompleks. Studi ini merupakan aplikasi pertama metabarcoding DNA feses dari swab kloaka pada H. halmahera yang membuktikan metode non-invasif dengan resolusi taksonomi tinggi.

The Halmahera Walking Shark (Hemiscyllium halmahera) is a micro-endemic shark of Indonesia distinguished by its crawling behaviour. Its population is declining due to habitat degradation and artisanal fishing pressure. This species acquired high conservation value, supported by a full protection status by the Indonesian Ministry of Marine Affairs and Fisheries. Diet analyses are vital to determine key prey species of H. halmahera for further conservation management. Here, we assess the diet composition of 16 individuals H. halmahera through non-invasive metabarcoding analyses of cloacal swabs. Our findings are consistent with previous studies and exhibit higher taxonomic resolution of prey items. Diet composition consists of primary prey groups of copepods, ray-finned fishes, snails, crustaceans, and sea cucumbers, with minor consumption of bell jellies, arrow worms, and hard corals. Sampling location correlates to variation in diet composition. Moreover, complex trophic web and habitat connectivity are revealed through diverse prey items. In conclusion, this study is the first application of cloacal swabs fDNA metabarcoding in H. halmahera and demonstrates its non-invasive nature and high taxonomic resolution. 

Kata Kunci : diet composition, fDNA metabarcoding, Hemiscyllium halmahera, Morotai, Nanopore sequencing