Identifikasi Varian Genetik Penentu Risiko Obesitas dengan Metode Nanopore Long-Read Sequencing

Farah Ayu Kamayani, Prof. Dr. Niken Satuti Nur Handayani, M.Sc.

2025 | Skripsi | BIOLOGI

Obesitas merupakan suatu kondisi kompleks yang dipengaruhi oleh berbagai faktor, termasuk faktor genetik yang melibatkan banyak gen berbeda. Next Generation Sequencing (NGS) adalah metode sequencing yang dapat mengurutkan jutaan fragmen DNA baik short-read sequencing maupun long-read sequencing. Kemampuan nanopore long-read sequencing untuk menghasilkan rangkaian DNA yang panjang memungkinkan identifikasi varian genetik dan menyoroti wilayah genom yang dapat mempengaruhi risiko obesitas. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi varian genetik serta mengetahui signifikansi klinis dari varian genetik hasil analisis nanopore long-read sequencing genom pasien dengan obesitas. Subjek yang diteliti berjenis kelamin laki-laki berusia 29 tahun dan memiliki indeks massa tubuh ?25 kg/m2. Metode penelitian melibatkan analisis bioinformatika Oxford Nanopore Technologies (ONT) melalui platform EPI2ME. Hasilnya mengungkapkan varian genetik yang terletak di gen APOA2 (NM_001643.2:c.-323C>T) dan gen IL6 (NM_000600.5:c.-237C>G) yang dikaitkan dengan obesitas. Varian genetik subjek yang menjadi penentu risiko obesitas yakni NM_001643.2:c.-323C>T, sedangkan varian lain yang ditemukan, namun tidak menjadi penentu risiko obesitas yakni NM_000600.5:c.-237C>G. Varian NM_001643.2:c.-323C>T diklasifikasikan sebagai pathogenic, sedangkan varian NM_000600.5:c.-237C>G dikategorikan sebagai risk factor.

Obesity is a complex condition influenced by various factors, including genetic factors involving multiple different genes. Next Generation Sequencing (NGS) is sequencing method that can sequence millions of DNA fragments, including both short and long reads. The ability of nanopore long-read sequencing to generate long DNA sequences enables the identification of genetic variants and highlights genomic regions that may influence the risk of obesity. This study aims to identify genetic variants and determine the clinical significance of the identified genetic variants through the analysis of long-read sequencing of genomes from obese subject. The subjects studied were 29-year-old males with BMI (Body Mass Index) ?25 kg/m2. The research method involves bioinformatics analysis using the EPI2ME platform from (ONT). The results revealed genetic variants located in the APOA2 gene (NM_001643.2:c.-323C>T) and the IL6 gene (NM_000600.5:c.-237C>G), both associated with obesity. The subject’s genetic variant that determines obesity risk is NM_001643.2:c.-323C>T, whereas the other variant found, NM_000600.5:c.-237C>G, does not determine obesity risk. The NM_001643.2:c.-323C>T variant is classified as pathogenic, while the NM_000600.5:c.-237C>G variant is categorized as a risk factor.

Kata Kunci : Obesitas; varian patogenik; nanopore sequencing; long-read sequencing