Evolution And Phylogenetics of The Sumatra Rabbit Nesolagus netscheri (Schlegel, 1880) Using Mltilocus Approach

Nayla Rafina, Dr. Dwi Sendi Priyono, S.Si., M.Si.

2025 | Skripsi | BIOLOGI

Kelinci Belang Sumatra (Nesolagus netscheri) merupakan spesies endemik langka yang terdapat di Sumatra, Indonesia. Meskipun telah dikenal secara historis dan tercatat dalam beberapa pengamatan, masih terdapat kesenjangan signifikan dalam pemahaman mengenai hubungan evolusioner dan keragaman genetiknya. Penelitian ini bertujuan untuk memperjelas hubungan evolusi Nesolagus netscheri dalam genus Nesolagus dan keluarga Leporidae. Penelitian ini menggunakan pendekatan multilokus dengan merekonstruksi pohon filogenetik melalui beberapa metode untuk membandingkan variabilitas dan konsistensi masing-masing penanda terhadap riwayat evolusi spesies ini. Amplifikasi DNA difokuskan pada gen 12S rRNA, CYTB, COI, dan 18S rRNA dengan keberhasilan dalam proses amplifikasi dan sekuensing. Data yang diperoleh dianalisis untuk karakteristik penanda, jarak genetik, delimitasi spesies menggunakan metode Automatic Barcode Gap Discovery (ABGD), serta rekonstruksi filogenetik menggunakan metode Neighbor-Joining (NJ), Maximum Likelihood (ML), dan Bayesian Inference (BI). Hasil menunjukkan adanya hubungan monofiletik antar spesies dalam genus Nesolagus pada semua penanda, dengan gen CYTB dan COI sebagai penanda paling informatif dan variabel, sedangkan gen 18S rRNA tidak sesuai karena variabilitasnya yang rendah.

The Sumatran Striped Rabbit (Nesolagus netscheri), a rare endemic species in Sumatra, Indonesia. Despite its historical recognition and occasional sightings, significant gaps continue in understanding its evolutionary relationships and genetic diversity. This study aims to clarify the evolutionary relationships of Nesolagus netscheri within the Nesolagus genus and the family Leporidae. Lastly, the study will use muti-locus approach by reconstructing the phylogenetic several methods to compare each marker’s variability and consistency of the species' evolutionary history. DNA amplification focused on the 12S rRNA, CYTB, COI and 18S rRNA genes with successful amplification and sequencing and analysed for marker characteristics, genetic distance, species delimitation using the Automatic Barcode Gap Discovery (ABGD) method, and phylogenetic reconstruction using Neighbor-Joining (NJ), Maximum Likelihood (ML), and Bayesian Inference (BI). Results showed monophyletic relationship between Nesolagus genus across all markers, CYTB and COI gene as most informative and variable, while 18S rRNA as unsuitable due to its low variability. 

Kata Kunci : Keywords: evolutionary relationships, genetic diversity, multi-locus approach, Nesolagus netscheri, phylogenetic analysis