Identifikasi Molekuler Staphylococcus aureus dan Staphylococcus pseudintermedius Berdasarkan Gen Target Spesifik pada Sampel Klinis Anjing dan Kucing

Jihan Rafif Falah Handoko, Prof. Dr. drh. Siti Isrina Oktavia Salasia

2025 | Skripsi | KEDOKTERAN HEWAN

Staphylococcus merupakan bakteri patogen oportunistik yang dapat menyebabkan berbagai infeksi pada hewan kesayangan, khususnya anjing dan kucing. Identifikasi Staphylococcus aureus dan Staphylococcus pseudintermedius secara konvensional melalui metode fenotipik menggunakan media selektif dan uji biokimia memiliki keterbatasan dalam hal waktu, akurasi, dan efektivitas karena kemiripan karakter fenotipik keduanya. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi serta menentukan target genetik spesifik yang mampu membedakan S. aureus dan S. pseudintermedius dari 15 sampel klinis asal anjing dan kucing (10 sampel anjing dan 5 sampel kucing) yang diperoleh dari wilayah Yogyakarta dan Jawa Tengah, menggunakan metode PCR konvensional. Semua isolat yang sebelumnya telah diidentifikasi secara fenotipik melalui media Mannitol Salt Agar (MSA) dan konfirmasi pengecatan Gram, kemudian dianalisis menggunakan PCR dengan target gen spesifik yaitu 23S rRNA, nuc, dan coa untuk mendeteksi faktor virulensi pada S. aureus, serta pta untuk S. pseudintermedius. Hasil karakterisasi genotipik menunjukkan bahwa 66,7% (10/15) isolat positif gen 23S rRNA, seluruh isolat S. aureus (66,7%; 10/15) positif gen nuc, serta 53,3% (8/15) dari isolat tersebut memiliki gen coa sebagai faktor virulensi. Sementara itu, 33,3% (5/15) isolat positif gen pta yang dikonfirmasi lebih lanjut menggunakan metode Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) dengan enzim MboI. Hasil ini menunjukkan bahwa metode PCR konvensional dengan target gen spesifik dapat digunakan sebagai metode cepat dan akurat dalam membedakan S. aureus dan S. pseudintermedius dari hewan kesayangan. Selain itu, metode RFLP dengan retriksi enzim MboI juga berhasil membedakan antara spesies S. aureus dengan S. pseudintermedius.

Staphylococcus is an opportunistic pathogenic bacterium capable of causing various infections in companion animals, particularly dogs and cats. Conventional identification of Staphylococcus aureus and Staphylococcus pseudintermedius using phenotypic methods with selective media and biochemical tests is limited in terms of time, accuracy, and effectiveness due to the similarity of their phenotypic characteristics. This study aimed to identify and determine specific genetic targets to differentiate S. aureus and S. pseudintermedius from 15 clinical samples (10 from dogs and 5 from cats) collected from Yogyakarta and Central Java, using conventional PCR. All isolates, previously identified phenotypically on Mannitol Salt Agar (MSA) and confirmed by Gram staining, were further analyzed by PCR targeting the 23S rRNA, nuc, and coa genes for S. aureus, and the pta gene for S. pseudintermedius. Genotypic characterization revealed that 66.7% (10/15) of isolates were positive for the 23S rRNA gene, 100% (10/10) of S. aureus isolates carried the nuc gene, and 80% (8/10) of these isolates possessed the coa gene as a virulence factor. Meanwhile, 100% (5/5) of the isolates from dogs tested positive for the pta gene, which was further confirmed by Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) analysis using the MboI enzyme. These findings demonstrate that conventional PCR targeting specific genes is a rapid and accurate method for differentiating S. aureus and S. pseudintermedius from clinical samples of companion animals. Moreover, the RFLP method using the MboI restriction enzyme was also successful in differentiating between S. aureus and S. pseudintermedius.

Kata Kunci : Staphylococcus aureus, Staphylococcus pseudintermedius, genotipik, anjing, kucing